Diversity and activity of soil microbial communities: expression of selected genes of secondary metabolism in relationship to envoronmental factors
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 4 (SAV02004-A)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
IAA6020410
Alternative language
Project name in Czech
Diversita a aktivita mikrobiálních společenstev v půdě: exprese vybraných genů primárního i sekundárního metabolismu ve vztahu k faktorům prostředí
Annotation in Czech
Různorodost půdního prostředí předpokládá vysokou diversifikaci vztahů mezi půdními organismy. Aktinomycety ovlivňují půdní prostředí produkty sekundárního metabolismu, jenž je málo prozkoumaným faktorem působícím na diversitu v různých podmínkách. Bakteriální společenstvo bude studováno pomocí mikročipů: diversita a aktivita druhů oligonukleotidovými sondami z 16S rDNA sekvencí a výskyt genů sekundárního metabolismu a resistence genově specifickými sondami. Oba typy čipů budou hybridizovány eDNA i eRNA. Reakce společenstva na produkci bioaktivních látek a další faktory prostředí bude sledována během manipulačního pokusu a dlouhodobě na terenních lokalitách. Tato studie, v kombinaci s výsledky aplikovaného výzkumu antibiotik v naší laboratoři, by mělapřinést nové poznatky o evoluci sekundárního metabolismu, horizontálním přenosu genů v přírodě a biodiversitě na molekulární úrovni.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
DK - Contamination and decontamination of soil including pesticides
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10511 - Environmental sciences (social aspects to be 5.7)<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Diversity of bacteria, particularly actinomycetes, was related to environmental factors: soil moisture, organic matter and vegetation. A microarray consisting of approx. 1400 probes covering producers of secundary metabolites was prepared.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2004
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 21, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-AV0-IA-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2009
Finance
Total approved costs
3,228 thou. CZK
Public financial support
3,228 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK