Evolution of secondary metabolism in actinomycetes: exploitation of genetic variability
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 5 (SAV02005-A)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
IAA600200519
Alternative language
Project name in Czech
Evoluce sekundárního metabolismu u aktinomycet: průzkum a využití genetické variability
Annotation in Czech
Diverzita genů sekundárního metabolismu společně s diversitou 16S rDNA genů u aktinomycet bude stanovena z půdní DNA odebrané na extrémních stanovištích. Vybrané vzorky půdy budou použity i k izolaci bakterií a vytvoření sbírky zaměřené na neobvyklé a obtížně kultivovatelné skupiny aktinomycet. U souboru sbírkových kmenů bude určována rozmanitost genů kódujících rozšířené enzymy sekundárního metabolismu, např. syntázy polyketidových antibiotik, ale i rozmanitost genů pro vzácně se vyskytující enzymy, např. halogenázy. Evoluční stromy sestavené z těchto enzymů budou porovnávány s fylogenetickými stromy získanými ze sekvencí 16S rDNA. Přítomnost vzácných genů u izolovaných kmenů bude sledována spolu s úrovní homologie u běžnějších genů. Konzervovanost sekvencí vzácných genů bude vztažena k diversitě odběrových míst, ale i k zachování jejich původní funkce v biosyntetickém klastru.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EH - Ecology - communities
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
A link from taxonomic to secondary metabolic diversity, and to antimicrobial activity was explored from community scale to individual strains. Data on site specificity of secondary metabolic and related resistance gene pools represent the main output.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 28, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-AV0-IA-U/01:1
Data delivery date
Jun 8, 2010
Finance
Total approved costs
3,127 thou. CZK
Public financial support
3,127 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK