Phylogeny of bodonid and coccidian protozoa based on small subunit rRNA and conserved protein sequences
Project goals
Our aim is to study phylogenetic relationship of selected bodonid and coccidian protozoa based on the small subunit (SSU) rRNA and conserved protein sequences. Primitive flagellates of the suborder Bodonia (order Kinetoplastida) represent important modelfor studies of the evolution of RNA editing, kinetoplast DNA structure, and the acquisition(s) of parasitism. The phylogenetic analysis of available free-living and parasitic species will be performed by means of the SSU rRNA and topoisomerase II gene sequences. In the second part of this project phylogenetic analysis of the SSU rRNA sequences of members of the subclass Coccidia (phylum Apicomplexa) parasitizing lower vertebrates will be performed. We will ude already available set of representative species that differ in the type of life cycle, morphology, and location in the host. Since so far, apicomplexan phylogeny is based only on morphology and the SSU rRNA data, we will search for another useful conserved gene.
Keywords
molecular phylogenyKinetoplastidaBodonidaCoccideaSarcocystisHammondiaTrypanosomaGoussiaIsosporaEimeria
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
—
Main participants
Parazitologický ústav AV ČR
V Ú Z UNIVERSITY PARDUBICEContest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Fylogenetická analýza vybraných prvoků (Bodonina a Coccidia) prostřednictvím SSU rRNA a konzervativních proteinů
Annotation in Czech
Cílem projektu je studium fylogenetických vztahů vybraných zástupců skupin Bodonia a Coccidia. Primitivní bičíkovci podřádu Bodonia představují významnou modelovou skupinu z hlediska evoluce kinetoplastidové DNA, editování RNA či vzniku parazitismu. Pomocí sekvencí malé podjednotky ribosomální RNA a topoisomerázového genu chceme provést první fylogenetickou analýzu parazitických a volně žijících zástupců tohoto podřádu. V projektu je dále navržena první analýza fylogenetických vztahů parazitických prvoků podtřídy Coccidia parazitujících u nižších obratlovců. Vybraní zástupci se liší charakterem svých vývojových cyklů, morfologií i orgánovou lokalizací a jsou proto vhodným objektem pro fylogenetickou analýzu této skupiny. Získaná data umožní posoudit evoluční vztahy v rámci anylyzované skupiny a případnou koevoluci s finálními hostiteli či mezihostiteli.
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EG - Zoology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10613 - Zoology
10614 - Behavioral sciences biology
10615 - Ornithology
10616 - Entomology
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Projekt přispěl k pochopení fylogeneze parazitů skupin Kinetoplastida a Apicomplexa. Studovaní parazité byly zpracováni i taxonomicky. Dosažené výsledky jsou využitelné i v praktické diagnostice některých patogenů.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1999
Realization period - end
Jan 1, 2001
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2002/AV0/AV02IA/U/N/7:3
Data delivery date
Jan 15, 2007
Finance
Total approved costs
3,536 thou. CZK
Public financial support
1,353 thou. CZK
Other public sources
1,299 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
3 536 CZK thou.
Public support
1 353 CZK thou.
38%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 1999 - 01. 01. 2001