Determination of the Three-Dimensional Structure of Secreted Aspartic Proteases Using Chemical Cross-Linking and High Resolution Mass Spectrometry
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 3 (SAV02005-J)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB400200501
Alternative language
Project name in Czech
Stanovení prostorové struktury aspartátových proteáz Sap 9 a Sap 10 pomocí chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením
Annotation in Czech
Cílem projektu je využít kombinaci chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie (MS3D) ke stanovení prostorové struktury aspartátových proteáz Sap 9 a Sap 10. Proteázy Sap jsou vylučovány kvasinkami rodu Candida albicans a výrazně ovlivňují jejich patogenitu. MS3D je založena na nalezení velkého počtu vzdáleností mezi jednotlivými aminokyselinami v rámci jedno proteinu. Narozdíl od X-ray a NMR technik, proteiny vhodné pro MS3D mohou mít více domén, flexibilní oblasti, posttranslační modifikace a mohoumít vysokou molekulovou hmotnost. MS3D navíc minimalizuje problémy s autoproteolýzou, neboť chemické zesítění je vytvořeno během několika minut. Na příkladu proteinů Sap 9 a Sap 10 ukážeme, že metoda MS3D může být použita k řešení poměrně složitých struktur glykosylovaných proteáz. Znalost struktury Saps umožní navrhnout specifické inhibitory, které bude možné použít jako nová antimykotická léčiva.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The glycosylation of aspartate proteases Sap9 and 10 was characterized. New method determining cystine bridges within protein molecule was designed and characterization of protein structure by chemical cross-linking and mass spectrometry was established.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 1, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 27, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-AV0-KJ-U/02:2
Data delivery date
Apr 3, 2009
Finance
Total approved costs
1,467 thou. CZK
Public financial support
1,467 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK