The Theory of Stability and Selectivity of Unnatural DNA Nucleobases
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 4 (SAV02006-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB400500602
Alternative language
Project name in Czech
Teorie stability a selektivity nepřirozených bází DNA
Annotation in Czech
Nepřirozené báze zabudované do molekul DNA tvoří základ rozšířené genetické abecedy, jež otvírá cestu k mnohým biotechnologickým aplikacím. Pomocí metod teoretické chemie prostudujeme roli různých strukturních a vnějších efektů rozhodujících pro stabilizaci dvoušroubovic DNA obsahujících nepřirozené báze a pro selektivitu vazebných schémat, jež se v nich vyskytují. Vypracujeme vysoce spolehlivé výpočetní postupy pro popis jak vnitřních, tak vnějších vlivů vedoucích k tvorbě stabilních a selektivních strukturních motivů obsahujících nepřirozené báze; tyto postupy upotřebíme během rozsáhlých výpočtů. Vnitřní vlivy budou studovány ab initio kvantově chemickými metodami, kdežto vliv okolí bude popsán pomocí klasické molekulové dynamiky s explicitním zahrnutím molekul rozpouštědla a protiiontů. Na základě vypočtených dat bude vyvinuta teorie s významnou predikční schopností, jež společně popisuje tyto vlivy a tím umožňuje kvantifikovat stabilitu a selektivitu neobvyklých fragmentů v DNA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CD - Macromolecular chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10404 - Polymer science
Completed project evaluation
Provider evaluation
O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena
Project results evaluation
While some partial succes of the project has been reached, the results of the project have not been published adequately.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 21, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-AV0-KJ-U/04:4
Data delivery date
Nov 5, 2013
Finance
Total approved costs
1,175 thou. CZK
Public financial support
1,175 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK