Molecular Dynamics Simulations of Annealed Polyelectrolytes
Project goals
The aim of the project is to study weak polyelectrolytes (PEs) using molecular dynamics (MD) simulations. Weak PEs have peculiar properties and many applications in industry and technology. They are an essential part of biological systems, since most proteins are weak PEs. Unlike strong PEs, the weak ones are capable of reversible dissociation and hence the charges on them are mobile. Current MD methods do not provide a tool for simulating weak PEs because the mobility of charges is a complication whichhas not been overcome yet. Within our project a simple phenomenological model will be developed which will account for the mobility of charges in weak PEs. Next the effect of the mobility of charges on the properties of the PE will be studied. Later thedissociation will be treated in a more sophisticated manner and simulations using the more sophisticated model will be performed. Thus for the first time the essential characteristics of weak PEs will be accounted for in an MD simulation
Keywords
polyelectrolytessimulationmolecular dynamicsweak polyelectrolytesSCFMonte Carlorate of dissociationchain transfer
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 5 (SAV02007-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB401110701
Alternative language
Project name in Czech
Počítačové simulace slabých polyelektrolytů pomocí molekulové dynamiky
Annotation in Czech
Cílem projektu je studium slabých polyelektrolytů (PE) pomocí molekulové dynamiky (MD). Slabé PE mají specifické vlastnosti a mnoho aplikací v průmyslu a technologii. Jsou také nedílnou součástí biologických systémů, protože mezi ně patří většina proteinů. Na rozdíl od silných PE, slabé PE jsou schopny reverzibilní disociace, což způsobuje pohyblivost nábojů na polymerním řetězci. Současné metody MD neobsahují nástroj na simulaci slabých PE, protože pohyblivost nábojů je komplikace, která zatím nebyla vyřešena. V rámci našeho projektu chceme vyvinout jednoduchý fenomenologický model, který zahrne pohyblivost nábojů na řetězcích slabých PE. Dále budeme studovat vliv pohyblivosti nábojů na vlastnosti slabých PE. Později vytvoříme sofistikovanější model disociace a vykonáme simulace pomocí tohoto modelu. Tímto způsobem budou poprvé v MD simulaci zahrnuty specifické vlastnosti slabých PE.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Published one paper with results of MD simulations; another one in preparation. One related paper accepted. One review paper containing partly results from the project and another closely related paper submitted. Two other related papers in preparation.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 28, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-AV0-KJ-U/03:3
Data delivery date
Jun 14, 2011
Finance
Total approved costs
998 thou. CZK
Public financial support
998 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
998 CZK thou.
Public support
998 CZK thou.
100%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
CD - Macromolecular chemistry
Solution period
01. 01. 2007 - 31. 12. 2009