Replication of mammalian genome ? 4D view
Project goals
Eucaryotic DNA replication ensures accurate and efficient genome duplication. Although a lot of findings about DNA replication is known, many questions about this process need to be solved. In our project, we would like to deal with organization and formation of replication domains (RDs). These EM entities were earlier described in HeLa cells. In this respect, we want to test whether replication via RDs presents common feature of replication of mammalian genome. The high resolution 3D organization of RDs will be addressed by EM tomography approach. The hypothesis that RDs represent rather replicon clusters than individual replicons will be also tested. Next, differences in timing of reconstitution of early and late RDs will be tested. Finally, formation of pre-initiation complex at early and late replicating origins will be addressed with respect to the protein Cdc45 and its role in elongation step of DNA replication will be examined.
Keywords
DNA replicationreplication domainsEM tomographypre-replication complexpre-initiation complex
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 5 (SAV02007-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB500390701
Alternative language
Project name in Czech
Replikace savčího genomu ve čtyřech dimenzích
Annotation in Czech
Replikace eukaryotické DNA zabezpečuje přesnou a efektivní duplikaci genomu. Ačkoli je v současnosti k dispozici mnoho poznatků o DNA replikaci, celá řada otázek týkající se replikace není ještě dobře zodpovězena. V našem projektu se chceme zabývat organizací a utvářením replikačních domén (RDs). Tyto elektron-mikrosopické (EM) entity byly již dříve popsány u HeLa buněk. V tomto ohledu chceme zjistit, zda replikace prostřednictvím RDs představuje společný rys replikace savčího genomu. Mimoto chceme popsat 3D organizaci replikačních míst pomocí EM tomografie. Současně chceme testovat hypotézu, že RDs představují spíše skupinu replikonů než jednotlivé replikony. Následně plánujeme analyzovat časové rozdíly ve vytváření časně a pozdně replikovaných RDs. Posledním cílem je analýza formování pre-iniciačního komplexu u časně a pozdně replikovaných počátků s ohledem na Cdc45 protein a analýza jeho role v elongačním kroku DNA replikace.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EA - Morphology and cytology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
10601 - Cell biology
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Model of organisation of replisomes in HeLa cells. Development of new method for isolation of labeled DNA. Preparation of GFP constructs with Cdc45, PCNA, POLD1 a MCM2 proteins. Development of method for specific localization of polyadenylated RNA.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 28, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-AV0-KJ-U/03:3
Data delivery date
Jun 14, 2011
Finance
Total approved costs
1,710 thou. CZK
Public financial support
1,710 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
1 710 CZK thou.
Public support
1 710 CZK thou.
100%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
EA - Morphology and cytology
Solution period
01. 01. 2007 - 31. 12. 2009