Analysis of sequences and distribution of the selfish DNA in the genome of moths and butterflies (Lepidoptera).
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 7 (SAV02009-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB501410901
Alternative language
Project name in Czech
Analýza sekvencí a distribuce sobecké DNA v genomu motýlů (Lepidoptera).
Annotation in Czech
Velikosti genomu u motýlů se dramaticky liší nejen u vzdálených druhů, ale i mezi blízkými příbuznými. Tento jev je možné pozorovat v různé míře i u ostatních eukaryotických organizmů a je způsoben odlišným množstvím tzv. sobecké DNA. Sobecké DNA, tedy mobilní elementy a satelitní DNA, jsou sice považovány za genomové parazity, na druhou stranu bylo opakovaně prokázáno, že hrají roli v evoluci svých hostitelů a jsou nezbytné pro fungování některých důležitých chromosomových struktur. Navzdory své důležitosti a zajímavosti ale není sobecká DNA u motýlů příliš prozkoumaná. Proto navrhujeme izolovat a charakterizovat sobeckou DNA z vybraných druhů motýlů, které nám umožní získat informace jak o konkrétních sekvencích nových mobilních elementů a satelitů,tak o jejich distribuci na chromosomech hostitele a výskytu u dalších druhů. Navrhované techniky izolace jsou mikrodisekce chromosomu W, PCR aplifikace pomocí TRAS1 primerů, GSP-PCR, restrikční štěpení genomové DNA a klonování Cot1 DNA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Parts of highly repetitive mobile elements were isolated from genomes of three lepidopterans, along with several satellites, including two satellites from the W chromosome of Indian meal moth and transctiptionally active satellite from codling moth.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2009
Realization period - end
Dec 31, 2011
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 18, 2011
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP12-AV0-KJ-U/01:1
Data delivery date
May 25, 2012
Finance
Total approved costs
1,626 thou. CZK
Public financial support
1,626 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK