Biased simulations for studies of G-protein-coupled receptors
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
COST CZ
Call for proposals
COST CZ 4 (SMSM2014LD4)
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-8634/2014-1
Alternative language
Project name in Czech
Urychlené výpočty pro studium receptorů vázaných na G-proteiny
Annotation in Czech
Simulační metody mají výrazný potenciál při vývoji nových terapeutik. Tento potenciál však zůstává nevyužit díky počítačové náročnosti těchto metod. Cílem projektu je vyvinout metodologie pro studium receptorů vázaných na G-proteiny (GPCR) založené na urychlených simulacích (metadynamika, simulace pump-probe), které na rozdíl od klasických simulací umožňují studovat molekulární systémy s podstatně menšími nároky na výpočetní prostředky. Konkrétně plánujeme vyvinout a testovat metadynamiku a její kombinaci s "alchymistickými" simulacemi při hledání ligandů těchto receptorů. Dále hodláme využít metadynamiku a metodu pump-probe při studiu jejich dynamiky.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - another secondary branch
FR - Pharmacology and apothecary chemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30104 - Pharmacology and pharmacy
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Tools for simulations of interactions of potential drugs with receptors were developed. Metadynamics viewer makes it possible to analyze results of accelerated simulations carried out by metadynamics method. Altruistic metadynamics allows for more efficient or more accurate simulations of multiple similar systems, for example a receptor with different ligands.
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2014
Realization period - end
Apr 30, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 28, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-MSM-LD-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2018
Finance
Total approved costs
1,359 thou. CZK
Public financial support
1,359 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK