Autoencoders for multiscale modelling
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
INTER-EXCELLENCE 13 (SMSM2018LTC01)
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-16506/2018-46
Alternative language
Project name in Czech
Autokodéry pro víceúrovňové simulace
Annotation in Czech
Cílem projektu je kombinovat metadynamiku a autokodéry. Biomolekulární simulace jsou vysoce výpočetně náročné. Tento fakt omezuje širší aplikace této metody při predikci struktur proteinů nebo při vývoji léčiv. Tento problém je možné řešit pomocí metod, které zlepšují vzorkování, jakými je například metadynamika. Tato metoda zlepšuje vzorkování molekulárních simulací tak, že působí na vybrané stupně volnosti. Tyto stupně volnosti je nutné pečlivě vybrat tak, aby postihovaly všechny pomalé děje v systému. Zde navrhujeme pro tento účel použít jeden ty umělých neuronových sítí – autokodérů. Nejprve bude vytvořena reprezentativní sada struktur studovaného molekulárního systému pomocí výpočetně nenáročných metod. Poté budou tyto struktury analyzovány pomocí autokodéry, čímž bude získána nízkorozměrná mapa molekulárních struktur. Nakonec bude systém simulován metadynamikou, která bude urychlovat dotčené konformační ve změny studovaném systému.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
10403 - Physical chemistry
OECD FORD - another secondary branch
30502 - Other medical science
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>CF - Physical chemistry and theoretical chemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>FP - Other medical fields
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
New programs and concepts based on machine learning (artificial neural networks) were developed to analyze and accelerate molecular simulations. These methods were tested on various molecular systems including protein folding. The program are freely available to the scientific community.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 16, 2018
Realization period - end
Apr 4, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 24, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-MSM-LT-U/01:1
Data delivery date
Jun 15, 2021
Finance
Total approved costs
692 thou. CZK
Public financial support
692 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK