Systematic mapping of the conformational space of short peptides through molecular dynamics simulation - a way to understanding of protein structure formation.

Project name in Czech
Systematické mapování konformačního prostoru krátkých peptidů pomocí výpočetních metod - cesta k porozumění struktury proteinů a jejich sbalování.
Annotation in Czech
Cílem projektu je aplikace přesných výpočtů pomocí pokročilých metod kvantové chemie do empirických potenciálů používaných k popisu dynamického chování biomolekul, v našem případě peptidů a proteinů. Původnost a unikátnost projektu je v tom, že s přesnýmpopisem plochy potenciální energie aminokyseliny v jejím strukturním kontextu se mění následně i dynamické chování molekuly a to směrem k podstatně lepší shodě s experimentálními výsledky získanými metodami NMR nebo infračervenou spektroskopií. To má zásadní význam pro studium jak proteinů majících strukturu tak především pro studium peptidů a proteinů existujících jako nestrukturované. Jedním z výstupů je molekulární design peptidů pro supramolekulární kompozice. 1. rok proběhnou výpočty na vybrané sadě peptidů a korekce pro empirický potenciál se aplikuje do potenciálu. 2. rok se tato korekce otestuje na sérii peptidů a porovná s klasickými potenciály a experimentem. Fáze výpočtů se 3.rok bude překrývat s intenzivními MD simulacemi a designem.

R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics

Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Selected proteinogenic amino acids were studied by means of computational chemistry methods, empirical potentials and metadynamics at long simulation time scales and their conformational preferences were analyzed in peptidic context. Similar tests will be set for the corrected empirical potentials with aim to obtain simile agreement with experimental values.

Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-MSM-LH-U/01:1
Data delivery date
Jul 2, 2015

Similar projects(10)