Protein-protein interactions from molecular simulations
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
FP6-2004-Mobility-10
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
RP - Co-financing of EC programme
Contract ID
MSMT-1462/2015-1
Alternative language
Project name in Czech
Studium protein-proteinových interakcí pomocí molekulárních simulací
Annotation in Czech
1. Metoda fitování třetího stupně s jednokrokovou pertubací bude rozšířena tak, aby se mohla běžně používat k výpočtu referenčních stavů všech aminokyselin, což značně zjednoduší výpočetní studium proteinových mutací. Metoda bude testována na interakcíchmezi 14-3-3 proteiny a různými fosforylovanými peptidy, konkrétně pak při studiu závislosti lokálních změn v aminokyselinové sekvenci na afinitě peptidů k proteinu. 2. Metoda H-REMD s využitím různých parametrů, tzv. distance field restraints, bude dálevyvíjena za účelem přesného popisu protein-peptidových a protein-proteinových interakcí. Velikost a flexibilita vazebného ligandu zvyšuje míru vzorkování, které je nutné pro popis systému. Našim cílem tedy bude zlepšení popisu reakční koordináty. Tyto nové metody budou aplikovány na kooperační vazbu fosforylovaných peptidů ke 14-3-3 proteinu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
This project was being realized in the framework of the MOBILITY Activity that aims primarily on establishing and strenghtening ties with foreign research institutions. The control of particular outputs is not implemented by the evalution committee, but the correctness of allocated finances and the adequacy of their use are checked.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 15, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-MSM-7A-U/02:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
160 thou. CZK
Public financial support
160 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK