Efficient free energy and enhanced sampling calculations of protein-‐protein interactions
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
—
Call for proposals
—
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
15-34684L
Alternative language
Project name in Czech
Efektivní výpočty volných energií a konfiguračního vzorkování protein-‐proteinových interakcí
Annotation in Czech
Navrhovanýmezioborovýprojekt mezinárodního vědeckého týmu je zaměřen na vývoj efektivních metod výpočtu volných energií a konfiguračního vzorkování za účelem studia proteinových komplexů. Jako modelovésystémy budou sloužit proteiny z rodiny 14-‐3-‐3 a jejich interakce s vybranými fosforylovanými proteiny/peptidy. V nevazebném stavu se vazebné oblasti interakčních partnerů proteinu 14-‐3-‐3 nachází v přirozeně neuspořádané konformaci. Jednotlivé konformační stavy vazebných proteinů budou studovány pomocí NMR experimentů s neuniformním vzorkováním v kombinaci s výpočetními metodami H-‐REMD a T-‐REMD. Dále bude v rámci projektu rozšířena metoda kombinující fitování třetího stupně/jedno-‐krokovou perturbací za účelem vytvoření univerzálního modelu pro výpočet rozdílu volných energií mezi aminokyselinami. Na základě těchto dat budeme schopni efektivně předpovídat afinity vazebných partnerů proteinu 14-‐ 3-‐3.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The final evaluation of LA projects is based on an agreement with Austrian partner Agency Fonds zur Förderung der Wissenschaftlichen Forschung (FWF). FWF acts a Lead Agency. The evaluation is carried out adequately as an international evaluation within the meaning of Section 7 (4) of Act No. 130/2002 Coll. on the Promotion of Research, Experimental Development and Innovation, as amended.
Solution timeline
Realization period - beginning
Dec 1, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-GA0-GF-U/03:1
Data delivery date
Mar 4, 2020
Finance
Total approved costs
6,221 thou. CZK
Public financial support
6,221 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK