Nové koncepty a nástroje pro racionální design enzymů
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT II
Call for proposals
KONTAKT II 4 (SMSM2014LH4)
Main participants
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-9919/2014-1
Alternative language
Project name in Czech
Nové koncepty a nástroje pro racionální design enzymů
Annotation in Czech
Cílem projektu bude vývoj nového konceptu pro racionální inženýrství enzymů, jeho experimentální validace a implementace do softwarového nástroje. Koncept propojí de novo design aktivního místa s designem transportních cest. Design aktivních míst bude realizován programem Rosetta, design transportních cest nově vyvinutým programem využívajícím algoritmy softwarů Caver i Rosetta. Bude napsán počítačový kód, který zajistí komunikaci obou programů a umožní tak modelovat energeticky výhodné konformace částiproteinu tvořící přístupové cesty a kvantitativně analyzovat parametry přístupových cest. Koncept bude implementován do počítačového kódu a použit k designu proteinů s racionálně upravenými přístupovými cestami a bránami. Navržené proteiny budou experimentálně konstruovány a popsány detailní biochemickou charakterizací. Získaná data a znalosti budou využity k validaci konceptu a jeho dalšímu vylepšení. Výstupem tříletého projektu bude nový koncept inženýrství proteinů, mutantní formy proteinů s vylepšenými vlastnosti, publikace popisující získané výsledky a jejich interpretaci a softwarový nástroj pro design tunelů a brán v proteinech.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
IN - Informatics
CEP - another secondary branch
BO - Biophysics
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Enzymes with modified access tunnels are being studied within this project. Protocol for the design and assessment of stability and activity was optimized using structural analyses and computer simulations. Optimized protocol will enable reproducible design of active and stable enzymes. The results of the project will be published in scientific journals ChemCatChem, PLoS Computational Biology, Journal of Chemical Information and Modeling, ACS Catalysis, FEBS Journal and Medicinal Research Reviews.
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 18, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-MSM-LH-U/01:1
Data delivery date
Jun 23, 2017
Finance
Total approved costs
1,943 thou. CZK
Public financial support
1,943 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK