Elucidating the role of dynamic tunnels in enzyme catalysis: simulations and fluorescence experiments
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 20 (SGA0201600001)
Main participants
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta<br>Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-06096S
Alternative language
Project name in Czech
Objasnění významu dynamických tunelů pro enzymatickou katalýzu: simulace a fluorescenční experimenty
Annotation in Czech
Enzymy jsou velmi účinné a specifické přírodní katalyzátory. Jejich aktivní místa jsou často pohřbena uvnitř jejich středu a spojeny se solventem skrze transportní cesty – tunely. Geometrie, fyzykálně-chemické vlastnosti a dynamika tunelů určuje rychlost, s jakou se vyměňují ligandy mezi aktivním místem a solventem. Tento proces často limituje celkovou účinnost katalýzy. Cílem projektu je zavést nové metody ke studiu vlastností a dynamiky tunelů relevantních pro funkci enzymů. V rámci řešení projektu nejprve připravíme sadu simulací molekulové dynamiky enzymů, pro které jsou relevantní tunely známé. Následně vyvineme automatický postup a software schopný efektivně analyzovat dynamiku tunelů, které použijeme k analýze široké škály enzymů. Za účelem další validace postupu, vytvoříme nové fluorescenční techniky vhodné ke studiu relevance a dynamiky tunelů. Tyto analýzy rozšíří naše znalosti o vlastnostech tunelů, které řídí transportní procesy v enzymech. Shromážděné příklady umožní další výzkum zabývající se významem tunelů pro proteinové inženýrství a vývoj inhibitorů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project focused on complex study of the structure and dynamics of internal enzyme tunnels using both advanced in-silico biology methods and fluorescence experiments. The results were summarized in 14 publications. An example of the significant result of this project is the HotSpot Wizard 3.0 web server, which is now used to design suitable mutant proteins.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 31, 2018
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 15, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP19-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jun 12, 2019
Finance
Total approved costs
9,133 thou. CZK
Public financial support
8,892 thou. CZK
Other public sources
241 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK