Comparative Genomics of Plant Mitochondria
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT II
Call for proposals
KONTAKT II 5 (SMSM2015LH5)
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-32267/2015-1
Alternative language
Project name in Czech
Srovnávací genomika rostlinných mitochondrií
Annotation in Czech
Cílem projektu je objasnění evoluce vysoké komplexity mt genomů rostlin a jejích souvislostí se způsobem rozmnožování a pylovou sterilitou. K tomuto cíli poslouží sestavení a analýza úplných mt genomů druhů blízkých silence obecné, u které byla nalezena dosud největší vnitrodruhová variabilita (fluidita) mt genomu u rostlin. Cestou k tomuto cíli je aplikace metod sekvenování dalších generací (NGS) a zejména rozvoj nových bioinformatických metod. Projekt přispěje k rozvoji srovnávaci genomiky organel u rostlin
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EF - Botany
CEP - another secondary branch
GE - Plant cultivation
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
We developed the methodical approach for the assembly of highly rearranged plant mitochondrial genomes. We combined Illumina MiSeq and PacBio data obtained from total DNA extracted from a single plant. We confirmed the ancestral phylogenetic position of high mountain Silene vulgaris and evolutionary trend towards the gradual fragmentation of the mitochondrial genome in this species. We contributed to the understanding the evolution of cytoplasmic male sterility.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2016
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 2, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-MSM-LH-U/01:1
Data delivery date
Jun 7, 2018
Finance
Total approved costs
2,364 thou. CZK
Public financial support
1,908 thou. CZK
Other public sources
456 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK