Genetic analysis of mitochondrial proteome: Integration of mitochondrial-nuclear epistasis with disease phenotypes in the rat
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
ERC CZ
Call for proposals
ERC CZ 1 (SMSM2012LL1)
Main participants
Fyziologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
LL1204
Alternative language
Project name in Czech
Genetická analýza mitochondriálního proteomu: Integrace mitochondriální-jaderné epistáze s patofyziologickými fenotypy u potkana
Annotation in Czech
Mitochondriální dysfunkce podmiňují u lidí mnoho patologických stavů, včetně běžných komplexně podmíněných chorob. Savčí mitochondriální proteom je kódovaný dvěma genomy – jaderným a mitochondriálním (mtDNA). Zatímco mtDNA kóduje pouze 13 proteinů, bylo odhadnuto, že dalších asi 1500 mitochondriálních proteinů je kódováno jadernými geny. V mitochondriích bylo zatím lokalizováno asi jen 1100 proteinů, přičemž funkce přibližně 300 z nich není známá a funkce dalších 300 proteinů je pouze odhadnuta na základě podobnosti jejich sekvence s jinými proteiny. Navrhovaný projekt představuje vůbec první systematickou studii s cílem odhalit pomocí genetických analýz úlohu mitochondriálních proteinů v patogenezi mitochondriálních dysfunkcí, kardiovaskulárních a metabolických poruch u spontánně hypertenzních potkanů kmene SHR – nejčastěji používaného zvířecího modelu metabolického syndromu. Tohoto cíle bude dosaženo rozsáhlými genetickými a korelačními (network) analýzami mitochondriálního proteomu a mitonukleárního a mtDNA transkriptomu společně s mitochondriálními fenotypy a hemodynamickými a metabolickými znaky u rekombinantních inbredních kmenů, odvozených od kmenů SHR a Brown Norway (BN-Lx). Pomocí těchto studií budou odhaleny kandidátní geny regulující jak mitochondriální funkce, tak patofyziologické znaky. Tyto kandidátní geny budou testovány pomocí in vivo funkčních studií buď transgenozí s využitím vysoce efektívních transpozonových konstruktů nebo dle potřeby zrušením funkce genů s využitím ZFN (zinc finger nuclease), případně TALEN (Transcription Activator-Like Effector Nucleases) technik. Tyto analýzy umožní odhalit genetické determinanty mitochondriálního proteomu a jejich úlohu v patogenezi komplexních metabolických poruch u potkana a tím přispějí k lepšímu pochopení účasti mitochondrií v patogenezi běžných klinických poruch.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
ED - Physiology
CEP - another secondary branch
FD - Oncology and haematology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30105 - Physiology (including cytology)<br>30204 - Oncology<br>30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The aim of the project was a study of genes coding for mitochondrial proteins using genome-wide linkage analyses, identification of new candidate mitoproteins and their characterizazion. During the course of the project we performed functional characterization of several genes (Tmem70, Usmg5) and discovered new functions for others (Wars2). This resulted into 40 papers published in journals with impact factor
Solution timeline
Realization period - beginning
Jul 1, 2012
Realization period - end
Jun 30, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jan 30, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-MSM-LL-U/01:1
Data delivery date
May 10, 2018
Finance
Total approved costs
46,094 thou. CZK
Public financial support
46,094 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK