Viral RNA modifications – Essential steps in Chemical Evolution of Protein Cofactors
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
ERC CZ
Call for proposals
ERC CZ 3 (SMSM2016LL1)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-31258/2016-1
Alternative language
Project name in Czech
Virální RNA modifikace - Esenciální kroky v chemické evoluci proteinových kofaktorů
Annotation in Czech
Viry jsou hlavní hnací silou, která určuje směr evoluce jak prokaryotických tak eukaryotických organismů. Mechanismus působení různých virů byl předmětem mnoha studií, přesto existuje jen překvapivě velmi málo dat týkajících se RNA modifikací a RNA konjugátů v jakémkoliv typu viru. Nezbytné metody pro citlivou analýzu RNA modifikací umožňující detailní studium chemické struktury různých RNA molekul byly vyvinuty velmi nedávno a nikdy nebyly použity pro studium virální RNA. Jeden z posledních objevů Nikotinamidadenindinukleotidu (NAD), kovalentně vázaného k RNA molekule kódované na plasmidu zodpovědné za replikaci plasmidu v E. Coli, napovídá, že i další episomy jako herpes virus, adenovirus (ds DNA viry) nebo dokonce další jednoduché formy života mohou využívat RNA molekuly s kovalentně vázanými koenzymy nebo jinými konjugáty. Jednoduchost jejich genomu a velmi dobře prostudovaná struktura a enzymová mašinerie různých virů z nich dělajií perfektní modelové systémy pro studium role nových RNA konjugátů jako právě NAD-RNA. Cílem tohoto projektu je detailní studie chemické struktury virálních RNA molekul (kódujících i nekódujících) savčích virů (DNA a RNA virů), bakteriofágů a rostlinných virů pomocí hmotnostní spektrometrie. Poté co bude detekována jakákoliv RNA modifikace nebo RNA konjugát, nové chemické a chemo-enzymové metody budou využity a vyvinuty k identifikaci modifikovaných RNA sekvencí. Kvantifikace modifikace na určitém typu RNA a závislost na postupu virální infekce budou také předmětem studia. Ve chvíli, kdy odhalíme funkci modifikované RNA, začneme se věnovat studiu biogenese, biodegradace a mechanismu interakce virální RNA s hostitelskou buňkou. Tento projekt přinese kvalitativně nový pohled na mechanismus účinku různých virálních RNA v hostitelské buňce a nese potenciál pro využití získaných poznatků při vývoji nové antivirálni léčby na bázi RNA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Project of Dr. Hana Cahova was focused on searching for new RNA modifications and understanding their role in natural and pathological cellular processes. Group of Dr. Cahova discovered entirely new class of 5' RNA caps in bacteria, reveal typical viral RNA modifications of elucidate previously unknown role of NAD RNA cap in HIV-1 infection.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 16, 2021
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-MSM-LL-U
Data delivery date
Jun 21, 2022
Finance
Total approved costs
48,762 thou. CZK
Public financial support
48,762 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK