Looking through the evolutionary window: What does introgression of a large gene family across the mouse hybrid zone tell us about speciation?

Provider

Ministry of Education, Youth and Sports

Programme

INTER-EXCELLENCE

Call for proposals

INTER-EXCELLENCE 10 (SMSM2018LTA02)

Main participants

Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

MSMT-39022/2018-1

Project name in Czech

Pohled oknem evoluce: Co nám introgrese velké genové rodiny přes myší hybridní zónu říká o vzniku druhů?

Annotation in Czech

Projekt si klade následující cíle: 1) Odhalit strukturu komplexu Abp genů u volně žijících příslušníků obou poddruhů (M. m. musculus a M. m. domesticus) a jejich přirozených hybridů pomocí nové technologie sekvenování dlouhých úseků a na základě jeho výsledků vytvořit zpřesněnou referenční sekvenci lépe popisující zájmovou oblast. 2) Zjistit, které kombinace různých duplikovaných nebo deletovaných genových bloků vzniklých u Mmd (a chybějících u Mmm) během posledních dvou sérií nealelických homologních rekombinací se vyskytují v centru hybridní zóny. 3) Určit míru, v jaké míře jednotlivé paralogy i pseudogeny pronikají přes zónu, a porovnat ji s introgresí jiných částí genomu, které jsou selektivně neutrální nebo naopak pod silnou selekcí. Ze získaných dat odhadnout míru selekce proti hybridům, fitness a další klíčové evoluční parametry. 4) Dvěma nezávislými metodami (read-depth, ddPCR) odhadnout počet kopií jednotlivých Abp paralogů a testovat hypotézu, že jejich proměnlivost je napříč hybridní zónou aditivní (alternativní hypotéza předpokládá nelineární průběh, např. zvýšený počet počtu kopií v jejím centru). 5) Zjistit (i) zda populace mimo zónu vykazují podobné vzorce exprese genů jako u kmene C57BL/6J, tj. identifikovat soubor Abp genů exprimovaných jako transkripty a translatovaných do proteinů v slzách i slinách; (ii) zda, případně do jaké míry jsou tyto vzorce u hybridů rozrušeny; (iii) zda můžeme disruptivní důsledky hybridizace, pokud k nim dochází, vztáhnout k blokům genů, které přecházejí/nepřecházejí přes zónu.

R&D category

ZV - Basic research

OECD FORD - main branch

10613 - Zoology

OECD FORD - secondary branch

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

OECD FORD - another secondary branch

—

CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

EB - Genetics and molecular biology<br>EG - Zoology

Provider evaluation

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Project results evaluation

We analysed the structure, expression, and proteome of the Abp family in two mouse subspecies. Expression of salivary genes, known to play a role in reproductive isolation between the subspecies, indicates potential reinforcement of the barrier on the musculus side. Moreover, the size and structure of salivary and lacrimal glands, their overall protein content, and behavioural tests suggest tears can play a more important role in odour communication in domesticus.

Realization period - beginning

Jan 1, 2019

Realization period - end

Dec 31, 2022

Project status

U - Finished project

Latest support payment

Mar 1, 2022

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP23-MSM-LT-U

Data delivery date

Jun 30, 2023

Total approved costs

6,464 thou. CZK

Public financial support

6,464 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK