All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Design, development, and testing of bioinformatic tools for validation of experimental and computer molecular models in structural biology, biotechnology and pharmacy

Public support

  • Provider

    Ministry of Education, Youth and Sports

  • Programme

    INTER-EXCELLENCE

  • Call for proposals

    INTER-EXCELLENCE 10 (SMSM2018LTA02)

  • Main participants

    Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    MSMT-39022/2018-1

Alternative language

  • Project name in Czech

    Návrh, vývoj a testování bioinformatických nástrojů pro hodnocení kvality experimentálních a počítačových molekulárních modelů ve strukturní biologii, biotechnologii a farmacii

  • Annotation in Czech

    Cílem projektu je charakterizace geometrií stabilních struktur, dále nazývaných konformery, vhodně definovaných stavebních kamenů biomolekul, a použití znalosti těchto konformerů k vývoji softwarových nástrojů na analýzu, validaci, a modelování struktur biomolekul, nukleových kyselin a proteinů. Projekt je významný pro základní výzkum, ale má i přesah do aplikačních oblastí, protože znalost prostorových struktur biomolekul je důležitá pro základní poznání v oboru strukturní biologie, ale stále více i pro prakticky orientované projekty výzkumu a vývoje nových biotechnologií a léčiv.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • OECD FORD - main branch

    10610 - Biophysics

  • OECD FORD - secondary branch

    10609 - Biochemical research methods

  • OECD FORD - another secondary branch

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)

  • CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    BO - Biophysics<br>CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

  • Project results evaluation

    "In the final stage, we extended the funcionality of our tools and integrated them with visualiza@on (Molstar) and refinement programs (Phenix, Coot, MMB, Refmac) and used them for annota@on and valida@on of DNA, RNA and protein structures in databases. Results were summed up in two publica@ons in impacted journals (Berman HM Life 2022,12,540; Biedermann L Acta cryst. D78,2022,1032)"

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2019

  • Realization period - end

    Dec 31, 2022

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Mar 1, 2022

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP23-MSM-LT-U

  • Data delivery date

    Jun 30, 2023

Finance

  • Total approved costs

    7,892 thou. CZK

  • Public financial support

    7,892 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK