Design, development, and testing of bioinformatic tools for validation of experimental and computer molecular models in structural biology, biotechnology and pharmacy
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
INTER-EXCELLENCE 10 (SMSM2018LTA02)
Main participants
Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-39022/2018-1
Alternative language
Project name in Czech
Návrh, vývoj a testování bioinformatických nástrojů pro hodnocení kvality experimentálních a počítačových molekulárních modelů ve strukturní biologii, biotechnologii a farmacii
Annotation in Czech
Cílem projektu je charakterizace geometrií stabilních struktur, dále nazývaných konformery, vhodně definovaných stavebních kamenů biomolekul, a použití znalosti těchto konformerů k vývoji softwarových nástrojů na analýzu, validaci, a modelování struktur biomolekul, nukleových kyselin a proteinů. Projekt je významný pro základní výzkum, ale má i přesah do aplikačních oblastí, protože znalost prostorových struktur biomolekul je důležitá pro základní poznání v oboru strukturní biologie, ale stále více i pro prakticky orientované projekty výzkumu a vývoje nových biotechnologií a léčiv.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - secondary branch
10609 - Biochemical research methods
OECD FORD - another secondary branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics<br>CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
"In the final stage, we extended the funcionality of our tools and integrated them with visualiza@on (Molstar) and refinement programs (Phenix, Coot, MMB, Refmac) and used them for annota@on and valida@on of DNA, RNA and protein structures in databases. Results were summed up in two publica@ons in impacted journals (Berman HM Life 2022,12,540; Biedermann L Acta cryst. D78,2022,1032)"
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MSM-LT-U
Data delivery date
Jun 30, 2023
Finance
Total approved costs
7,892 thou. CZK
Public financial support
7,892 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK