All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Complex structural analysis of interaction at the protein - nucleic acid interface by unique bioinformatic descriptors

Public support

  • Provider

    Ministry of Education, Youth and Sports

  • Programme

    KONTAKT

  • Call for proposals

  • Main participants

  • Contest type

    M2 - International cooperation

  • Contract ID

    10999/2010-32

Alternative language

  • Project name in Czech

    Komplexní strukturní analýza interakcí na rozhraní protein - nukleová kyselina unikátními bioinformatickými deskriptory.

  • Annotation in Czech

    Navrhujeme provést komplexní analýzu rozhraní mezi proteiny a nukleovými kyselinami (NA) pomocí unikátních nástrojů strukturní bioinformatiky vyvinutých na pracovištích navrhovatelů. Věříme, že jedinečnost tohoto návrhu spočívá v komplementaritě obou týmů: Zatímco Dr. de Brevern vyvinul nástroje pro klasifikaci lokální proteinové konformace, Dr. Schneider vyvinul metodologii klasifikace konformací NA. Rozhraní mezi proteiny a NA je vědecky důležité, protože interakce mezi těmito makromolekulami je klíčový krok základních biologických procesů jako transkripce, replikace, translace, či sestřihávání a chyby při rozpoznávání vedou k poškození i smrti zasažených buněk. Mnoho zásadních aspektů interakce není přitom popsáno, k jejich pochopení významně přispěje navrhovaný detailní popis rozhraní v termínech lokální struktury proteinů a NA. Popis rozhraní pomocí omezeného počtu konformerů (16 pentapeptidových konformerů a asi 20 DNA a 40 RNA konformerů) umožní redukci složité informace o interakcích v pros

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    BO - Biophysics

  • CEP - secondary branch

    EB - Genetics and molecular biology

  • CEP - another secondary branch

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

  • Project results evaluation

    Analysis of the protein/DNA interactions from their crystal structures revealed their novel features due to our original description of the local conformations. Preliminary results were presented at the Biophysical Society Meeting in March 2011.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2010

  • Realization period - end

    Dec 31, 2011

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Mar 25, 2011

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP12-MSM-ME-U/01:1

  • Data delivery date

    Jul 12, 2012

Finance

  • Total approved costs

    106 thou. CZK

  • Public financial support

    106 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK