Complex structural analysis of interaction at the protein - nucleic acid interface by unique bioinformatic descriptors
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT
Call for proposals
—
Main participants
—
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
10999/2010-32
Alternative language
Project name in Czech
Komplexní strukturní analýza interakcí na rozhraní protein - nukleová kyselina unikátními bioinformatickými deskriptory.
Annotation in Czech
Navrhujeme provést komplexní analýzu rozhraní mezi proteiny a nukleovými kyselinami (NA) pomocí unikátních nástrojů strukturní bioinformatiky vyvinutých na pracovištích navrhovatelů. Věříme, že jedinečnost tohoto návrhu spočívá v komplementaritě obou týmů: Zatímco Dr. de Brevern vyvinul nástroje pro klasifikaci lokální proteinové konformace, Dr. Schneider vyvinul metodologii klasifikace konformací NA. Rozhraní mezi proteiny a NA je vědecky důležité, protože interakce mezi těmito makromolekulami je klíčový krok základních biologických procesů jako transkripce, replikace, translace, či sestřihávání a chyby při rozpoznávání vedou k poškození i smrti zasažených buněk. Mnoho zásadních aspektů interakce není přitom popsáno, k jejich pochopení významně přispěje navrhovaný detailní popis rozhraní v termínech lokální struktury proteinů a NA. Popis rozhraní pomocí omezeného počtu konformerů (16 pentapeptidových konformerů a asi 20 DNA a 40 RNA konformerů) umožní redukci složité informace o interakcích v pros
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Analysis of the protein/DNA interactions from their crystal structures revealed their novel features due to our original description of the local conformations. Preliminary results were presented at the Biophysical Society Meeting in March 2011.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2011
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 25, 2011
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP12-MSM-ME-U/01:1
Data delivery date
Jul 12, 2012
Finance
Total approved costs
106 thou. CZK
Public financial support
106 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK