Microbiomes of Selected Extreme Biotopes – Their Phylogenetic Diversity and Functional Potential
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
SMSM2019LTA01
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-37785/2019-2
Alternative language
Project name in Czech
Mikrobiomy vybraných extrémních biotopů – jejich fylogenetická diversita a funkční potenciál
Annotation in Czech
Mikroorganismy, především pak prokaryota, jsou fylogeneticky i metabolicky nejdiverznější skupinou organismů naší planety. V této souvislosti je ohromující i rozmanitost biotopů, které prokaryota obývají. Řada bakterií a většina archeí se řadí mezi mikroorganismy extrémofilní – tedy žijící v biotopech definujících hranici života. Cílem předkládaného projektu je charakterizovat mikrobiální osídlení dvou typů extrémních prostředí – chronosekvence permafrostu (permafrostu různého stáří) a zemin ze solných mokřadů a bahenních průsaků CO2. Charakteristika bude probíhat dvěma základními přístupy – s využitím metagenomických a modifikovaných kultivačních technik. Základní modifikací kultivačních technik bude využití resuscitačního faktoru a přizpůsobení kultivačních médií reálným matricím za účelem izolace dormantních a jiných obtížně kultivovatelných, či doposud nekultivovatelných mikroorganismů. Zároveň v rámci projektu hodláme implementovat metody hmotnostní spektrometrie v režimu MALDI-TOF k určení druhové příbuznosti bakteriálních izolátů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10618 - Ecology
OECD FORD - secondary branch
10609 - Biochemical research methods
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EH - Ecology - communities
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The goal of the project was the cultivation and phylogenetic characterization of microbial populations of extreme environments. The resuscitation factor was found to effectively increase the growth of soil bacterial species, including previously uncultivated. Phylogenetically novel taxa were characterized. Phylogenetic and metagenomic analyses revealed populations present and metabolically active.
Solution timeline
Realization period - beginning
Nov 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MSM-LT-U
Data delivery date
Jun 30, 2023
Finance
Total approved costs
6,177 thou. CZK
Public financial support
6,177 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK