Pan-European Lake Sampling - Microbial Eco-genomics (PELAGICS)
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Grant projects of excellence in basic research EXPRO
Call for proposals
SGA0202000004
Main participants
Biologické centrum AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
20-12496X
Alternative language
Project name in Czech
PELAGICS – Eko-genomika mikroorganismů v evropských jezerech
Annotation in Czech
Sladkovodní biotopy mají rozhodující vliv na celý pozemský život, převážná většina jejich mikrobiálních obyvatel (prokaryot a eukaryot) však zůstává stále záhadná, za hranicemi kultivačních možností. Nicméně vývoj kultivačních přístupů spolu s pokroky v sekvenování přináší nové prostředky pro odhalení mikrobiální rozmanitosti. Navrhujeme vytvořit vědecké konsorcium PELAGICS (24 vědců, 16 evropských zemí), které bude koordinovat úsilí ve studiu sladkovodních mikroorganismů (prokaryot i eukaryot) kultivačním a metagenomickým přístupem (analýza genomové DNA celé populace) v rámci celoevropské jezerní kampaně (70 jezer). Hloubkové sekvenování (cca 18 TB) mikrobiální populace povede k zisku tisíců metagenomicky-sestavených genomů prokaryot, eukaryot a virů. Za pomoci nových růstových médií napodobujících přirozené podmínky a poloautomatizované vysoce výkonné izolační techniky budeme usilovat o získání sbírky kmenů 500 prokaryot a 50 prvoků vč. jejich genomů. Kombinace obou přístupů přispěje k odhalení jejich přirozených interakcí a ekologických rolí ve sladkovodních potravních sítích.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Apr 1, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GX-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
49,297 thou. CZK
Public financial support
49,297 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK