Analysis of environmental metagenomes using next-generation-sequencing and development of data analysis procedures
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
COST CZ
Call for proposals
COST CZ 2 (SMSM2012LD2)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-7027/2012-36
Alternative language
Project name in Czech
Analýza environmentálních metagenomů metodami next-generation-sequencing a vývoj postupů pro analýzu dat
Annotation in Czech
Hlavním cílem projektu je vývoj a aplikace nových metodik pro analýzu mikrobiálních populací na základě sekvenace environmentální DNA metodami next-generation-sequencing, tj. pro popis a analýzu metagenomů populací prokaryot a eukaryot. Specifickými cíliprojektu je (1) testování a výběr nejvhodnějších postupů pro analýzu složení populací bakterií a hub v environmentálních vzorcích, (2) porovnání výsledků analýzy mikrobialních společenstev postupy amplikonové sekvenace, shotgun analýzy metagenomické DNAa dalších přístupů (qPCR, analýza biomarkerů ad.) a (3) vývoj bioinformatických prostředků pro snadnou manipulaci se sekvenčními daty velkého rozsahu, získanými při analýze environmentálních metagenomů, které umožní bezpečné uchovávání, kontrolu kvalitya selektivní vyhledávání v rámci získaných dat.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EH - Ecology - communities
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The structure of microbial populations on plant litter and deadwood was described in the frames of the project and the identification of methods for amplicon sequencing analysis of prokaryotic and eukaryotic microbiota was performed. Moreover, an analytical software tool to perform these tasks was developed.
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 1, 2012
Realization period - end
Jun 30, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-MSM-LD-U/02:1
Data delivery date
Oct 11, 2017
Finance
Total approved costs
1,666 thou. CZK
Public financial support
1,666 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK