Verification of genomic procedures in small populations
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
SMSM2019LTA01
Main participants
Česká zemědělská univerzita v Praze / Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-37785/2019-2
Alternative language
Project name in Czech
Ověřování genomických postupů v malých populacích
Annotation in Czech
Šlechtění hospodářských zvířat je vysoce organizovaná činnost na celostátní úrovni. Základem je věrohodné vyhodnocování celostátních souborů kontroly užitkovosti a vzájemných příbuzností všech zvířat metodami BLUP/REML, které vedou k řešení velkých soustav rovnic o rozsahu milionů až stamilionů rovnic o milionech až stamilionech neznámých. V posledním období jsou do těchto rovnic navíc zahrnovány SNP genetické markéry z genomických čipů. Zpracovávání a vyhodnocování těchto souborů vyžaduje trvalý vývoj. V ČR vývoj probíhá na genetickém pracovišti VÚŽV Uhříněves, příprava studentů na ČZU Praha a praktická pravidelná celostátní vyhodnocování pro chovatele vykonává ČMSCH/Plemdat Hradištko pod Medníkem. Hodnocení podléhají mezinárodní kontrole potvrzené certifikáty. Světově vedoucím pracovištěm ve vývoji algoritmů a programů vyhodnocování je "University of Georgia", USA (prof. Misztal). Náplní předkládaného úkolu je spolupráce s pracovištěm v USA a podíl na celosvětovém vývoji a testování algoritmů a počítačových programů pro úpravy vstupních genomických údajů, sestavování a úpravy matic genomické příbuznosti, práci s velkými soubory údajů, přizpůsobení metodických postupů menším populacím se zahrnutím vlivů exportních populací, kříženců a překrývajících se populací, invertování velkých matic a řešení velkých soustav rovnic, zohlednění země původu jednotlivých zvířat v soustavách rovnic hodnocení, určení spolehlivosti stanovení jednotlivých konstant a "validaci" postupů genetického hodnocení. Metodicky bude předkládaný úkol průběžně upřesňován v dohodě s prof. Misztalem.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
40301 - Veterinary science
OECD FORD - secondary branch
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EA - Morphology and cytology<br>GJ - Diseases and animal vermin, veterinary medicine
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project deals with the implementation of the genomic approach in small populations. The goal was to implement new methodological procedures for conventional and genomic evaluation of individuals in small populations. The project was divided into four key areas. During the project duration, the solution of these research areas was fulfilled. During project duration, nine publications of the JIMP category, 2 CMET, and other outputs (JNEIMP, O, Z, W) were published.
Solution timeline
Realization period - beginning
Nov 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MSM-LT-U
Data delivery date
Jun 30, 2023
Finance
Total approved costs
9,665 thou. CZK
Public financial support
7,971 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
1,694 thou. CZK