All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Verification of genomic procedures in small populations

Public support

  • Provider

    Ministry of Education, Youth and Sports

  • Programme

    INTER-EXCELLENCE

  • Call for proposals

    SMSM2019LTA01

  • Main participants

    Česká zemědělská univerzita v Praze / Fakulta agrobiologie, potravinových a přírodních zdrojů

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    MSMT-37785/2019-2

Alternative language

  • Project name in Czech

    Ověřování genomických postupů v malých populacích

  • Annotation in Czech

    Šlechtění hospodářských zvířat je vysoce organizovaná činnost na celostátní úrovni. Základem je věrohodné vyhodnocování celostátních souborů kontroly užitkovosti a vzájemných příbuzností všech zvířat metodami BLUP/REML, které vedou k řešení velkých soustav rovnic o rozsahu milionů až stamilionů rovnic o milionech až stamilionech neznámých. V posledním období jsou do těchto rovnic navíc zahrnovány SNP genetické markéry z genomických čipů. Zpracovávání a vyhodnocování těchto souborů vyžaduje trvalý vývoj. V ČR vývoj probíhá na genetickém pracovišti VÚŽV Uhříněves, příprava studentů na ČZU Praha a praktická pravidelná celostátní vyhodnocování pro chovatele vykonává ČMSCH/Plemdat Hradištko pod Medníkem. Hodnocení podléhají mezinárodní kontrole potvrzené certifikáty. Světově vedoucím pracovištěm ve vývoji algoritmů a programů vyhodnocování je "University of Georgia", USA (prof. Misztal). Náplní předkládaného úkolu je spolupráce s pracovištěm v USA a podíl na celosvětovém vývoji a testování algoritmů a počítačových programů pro úpravy vstupních genomických údajů, sestavování a úpravy matic genomické příbuznosti, práci s velkými soubory údajů, přizpůsobení metodických postupů menším populacím se zahrnutím vlivů exportních populací, kříženců a překrývajících se populací, invertování velkých matic a řešení velkých soustav rovnic, zohlednění země původu jednotlivých zvířat v soustavách rovnic hodnocení, určení spolehlivosti stanovení jednotlivých konstant a "validaci" postupů genetického hodnocení. Metodicky bude předkládaný úkol průběžně upřesňován v dohodě s prof. Misztalem.

Scientific branches

  • R&D category

    AP - Applied research

  • OECD FORD - main branch

    40301 - Veterinary science

  • OECD FORD - secondary branch

    10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology

  • OECD FORD - another secondary branch

  • CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    EA - Morphology and cytology<br>GJ - Diseases and animal vermin, veterinary medicine

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

  • Project results evaluation

    The project deals with the implementation of the genomic approach in small populations. The goal was to implement new methodological procedures for conventional and genomic evaluation of individuals in small populations. The project was divided into four key areas. During the project duration, the solution of these research areas was fulfilled. During project duration, nine publications of the JIMP category, 2 CMET, and other outputs (JNEIMP, O, Z, W) were published.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Nov 1, 2019

  • Realization period - end

    Dec 31, 2022

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Mar 1, 2022

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP23-MSM-LT-U

  • Data delivery date

    Jun 30, 2023

Finance

  • Total approved costs

    9,665 thou. CZK

  • Public financial support

    7,971 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    1,694 thou. CZK