Mapping of diversity in avian genomic resources available in the Czech Republic
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
INTER-EXCELLENCE 13 (SMSM2018LTC01)
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
LTC18060: MSMT-16506/2018-35
Alternative language
Project name in Czech
Mapování diversity živočišných genomů za využití místních zdrojů dostupných v České republice
Annotation in Czech
Cílem projektu je vytvořit metodický a materiální základ pro anotaci živočišných genomů prostřednictvím popisu diverzity genetických zdrojů ptáků žijících v České republice. Projekt se bude dotýkat především ptáků domestikovaných (plemena chovaná v ČR), ale (v menší míře) i volně žijících (zde však bude důraz kladen pouze na zajištění genomického materiálu pro další výzkum). Projekt si klade ve spolupráci se zahraničními partnery FAANG 3 dílčí cíle: 1) Rozvinout národní kolekci vzorků genomických zdrojů ptáků v rámci genetické banky ZCU 2) Vytvořit novou sbírku vzorků pro extrakci RNA využitelnou pro transkriptomické studie 3) U vybraných genetických zdrojů z této sbírky popsat expresní a sekvenční variabilitu transkriptomu za použití metod RNA-seq a WTTS-seq.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
40203 - Husbandry
OECD FORD - secondary branch
10613 - Zoology
OECD FORD - another secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EG - Zoology<br>GI - Farm animal breeding and farm animal pedigree breeding
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
In autumn 2018 the initiation phase of the project started: development of the collection of genetic samples and revision of biobanking approaches. The ZCU collection of genomic samples counts 7327 databased samples. In collaboration with our international partners we published first results (Świderská et al. 2018, Bílková et al. 2018) that were originally planned for the project phase 2.
Solution timeline
Realization period - beginning
Aug 1, 2018
Realization period - end
Apr 12, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 24, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-MSM-LT-U/01:1
Data delivery date
Jun 15, 2021
Finance
Total approved costs
1,922 thou. CZK
Public financial support
1,922 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK