Identifying biomarkers through translational research for prevention and stratification of colorectal cancer (TRANSCOLONCAN)
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
INTER-EXCELLENCE 22 (SMSM2019LTC01)
Main participants
Univerzita Karlova / Lékařská fakulta v Plzni
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-15739/2019-9
Alternative language
Project name in Czech
Identifikace farmakogenomických biomarkerů pomocí celoexomového sekvenování u pacientů s kolorektálním karcinomem
Annotation in Czech
Kolorektální karcinom je jedním z nejčastěji se vyskytujících nádorů a léčba pacientů s tímto onemocněním představuje významný socioekonomický problém. I malé zlepšení situace v onkologickém managementu pacientů a prodloužení jejich přežívání bude mít multiplikační globální přínos. Jednou z možností jak snížit úmrtnosti na toto a jiná nádorová onemocnění je identifikace molekulárních faktorů usnadňujících nasazení optimální léčby. Námětem Akce COST CA17118 je velmi komplexní přístup k molekulární biologii kolorektálního karcinomu a jedním z cílů je i farmakogenomické profilování pacientů. Cílem tohoto projektu je vytvořit první databázi genetických variant a genů (biomarkerů), spojených s prognózou a odpovědí na terapii pacientů s nádory kolorekta v ČR. V první fázi bude získán zcela unikátní soubor exomových dat pro 100 českých pacientů a použit k vyhodnocení faktorů dobré i špatné léčebné odpovědi. Biomarkery, které budou významně korelovat s léčebnou odpovědí, budou následně použity k validační studii na velké (n=300) skupině českých pacientů a na dalších skupinách pacientů, dostupných od partnerů Akce, pracovní skupiny, WG3, léčených a sledovaných srovnatelným způsobem. Takto validované biomarkery budou pak poskytnuty partnerům v rámci WG4 pro funkční analýzy dle zásad medicíny založené na důkazu. Řešení projektu rovněž poskytne klinicky validovaný bioinformatický postup pro zpracování farmakogenomicky významných variant a genů. Těsné sepětí akademických i klinických pracovníků navrhovatelského pracoviště s ostatními partnery Akce bude výhodou pro klinickou validitu výsledků a potenciální aplikaci v medicínské praxi, která představuje hlavní přidanou hodnotu tohoto projektu pro Akci i české a potenciálně světové zdravotnictví. Hlavním výstupem projektu budou odborné publikace a prezentace a uživateli výsledků pak akademičtí a kliničtí pracovníci studenti a instituce státní i privátní sféry.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
30204 - Oncology
OECD FORD - secondary branch
30205 - Hematology
OECD FORD - another secondary branch
30101 - Human genetics
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology<br>FD - Oncology and haematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
We prepared whole exome sequences of 122 samples from patients with colorectal liver metastases, produced database of mutated genes and annotated variants, evaluated associations of mutational profiles with clinical data, and identified a number of prognostic biomarkers, whose significance is under validation. Together six papers with a dedication to the project were published in Jimp journals and international collaboration was thoroughly strengthened
Solution timeline
Realization period - beginning
Jun 1, 2019
Realization period - end
Sep 30, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 24, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-MSM-LT-U
Data delivery date
Jun 30, 2023
Finance
Total approved costs
3,929 thou. CZK
Public financial support
3,929 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK