Collaboration with the International Institute of Tropical Agriculture on comparative genetic and epigenetic analysis of plantains (AAB bananas)
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
INTER-EXCELLENCE
Call for proposals
INTER-EXCELLENCE 18 (SMSM2018LTT02)
Main participants
Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-7967/2019-4
Alternative language
Project name in Czech
Spolupráce s Mezinárodním ústavem tropického zemědělství na komparativní genetické a epigenetické analýze plantainů (AAB banánovníků)
Annotation in Czech
Cílem projektu je prohloubit a upevnit spolupráci s mezinárodní nevýdělečnou organizací International Institute of Tropical Agriculture (IITA) a analyzovat komplexní genetickou a epigenetickou variabilitu jedlých banánovníků typu plantain a identifikovat soubor SNP markerů vhodných pro jejich další charakterizaci. Genotypy banánovníku studované v předkládaném projektu budou získány od zahraničního partnera - IITA, který se zabývá jak jejich šlechtěním, tak také uchováním v polních a in vitro sbírkách za účelem uchování jejich genového bohatství a využití pro cílené šlechtění rezistentních odrůd banánovníku. Analýzy budou prováděny především s využitím illumina sekvenování a následné in silico analýzy. Pro illumina sekvenování bude využito přístroje NovaSeq, který od ledna 2019 bude součástí řešitelské laboratoře a Oddělení molekulární biologie, Centra regionu Haná pro biotechnologický a zemědělský výzkum v Olomouci. Podstatnou součástí výzkumu je také dostupnost celogenomové, tzv. referenční sekvence jedlých typů banánovníku, která byla sestavena v laboratoři řešitele ve spolupráci se zahraničním partnerem - IITA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - secondary branch
10605 - Developmental biology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology<br>EF - Botany
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
We created high quality, haplotype-phased genome reference sequence of a horn type of plantatin, clone '3Hands Planty', and whole genome sequences of two other morphotypes of plantains (frech and false horn), differing in morphology of the inflorescence. Whole genome resequencing of 62 plantain genotypes provided information about the SNPs and genetic variability within plantains.
Solution timeline
Realization period - beginning
Feb 1, 2019
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Feb 16, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MSM-LT-U
Data delivery date
Jul 1, 2024
Finance
Total approved costs
5,193 thou. CZK
Public financial support
5,193 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK