Comparative genome analysis in banana (Musa spp.) using 454 sequencing
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 7 (SAV02009-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB500380901
Alternative language
Project name in Czech
Srovnávací analýza genomu banánovníku (Musa spp.) pomocí 454 sekvenování
Annotation in Czech
Banánovník (Musa sp.) je rostlina s velkým socioekonomickým významem. Pěstované formy banánovníku jsou náhodně vzniklé varianty jejichž původ není zcela jasný. Přestože jaderný genom banánovníku je relativně malý (1C = 550 ? 650 Mbp), jeho struktura a organizace, stejně jako genetická variabilita zatím není známá. V rámci navrhovaného projektu bude využito masivně paralelního sekvenování ? technologie 454 sekvenování (systém FLX, Roche), která generuje v jedné sekvenační reakci až 100 milionů bází s průměrnou délkou inzertů 200 bází. V průběhu projektu budou 454 technologií částečně sekvenovány (cca z 15%) druhy M. acuminata a Ensete ventricosum. Sekvenační data budou použita k analýze struktury jejich jaderných genomů a ke srovnávací analýze mezi těmito zástupci čeledi Musacea. Získané poznatky a sekvenační data přispějí k sestavení úplné nukleotidové sekvence jaderného genomu banánovníku a současně budou použity ke studiu diverzity u širšího spektra zástupců čeledi Musaceae.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
GE - Plant cultivation
CEP - another secondary branch
EF - Botany
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
About 400 Mbp of nucleotide sequences were obtained for 5 representatives of genus Musa and one representative of Ensete using 454 sequencing approach. Comparative analysis of whole genome 454 sequencing data was done using graph-based clustering method.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2009
Realization period - end
Dec 31, 2011
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 18, 2011
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP12-AV0-KJ-U/01:1
Data delivery date
May 25, 2012
Finance
Total approved costs
1,688 thou. CZK
Public financial support
1,688 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK