Comparative genomics and transcriptomics of allergens and putative allergen genes from stored product and house dust mites
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
SMSM2022LU001
Main participants
Výzkumný ústav rostlinné výroby, v.v.i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-1942/2023-2
Alternative language
Project name in Czech
Komparativní analýza alergenů skladištních a prachových roztočů pomocí OMICs metod
Annotation in Czech
Ominic metody urychlily a zdokonalily nástroje umožňující studium evoluce a vzniku alergenů. Přesto chybí srovnatelné studie evoluční historie alergenicity napříč producenty alergenů a biochemickými skupinami alergenů. Alergeny roztočů jsou vhodnou modelovou skupinou zahrnující více než 40 biochemicky rozdílných skupin,produkovaných minimálně 8 druhy skladištních a prachových roztočů. V přístupu studia alergenů existuje nevyváženost mezi prachovými askladištními roztoči. Extrakty prachových roztočů jsou komerčně dostupné a většina identifikovaných alergenů patří do této skupiny.Zatímco komerční extrakty ze skladištních roztočů pro testování chybí.Několik hojně se vyskytujících skladištních roztočů musí být ještěpečlivě prozkoumáno pro identifikaci alergenů, protože jejich proteinové extrakty nejsou k dispozici. To rozšiřuje počet druhůroztočů s potencionálními alergeny. Ačkoliv námi navrženými postupy se nedají alergeny přímo prokázat, neboť nepracujeme s lidskýmsérem, pomocí komparativní genomiky/transkriptomiky budemeschopni stanovit identitu s prokázanými alergeny prachových roztočů a identifikovat nové potenciální alergeny na základě strukturnípodobnosti. Komparativní genomika umožňuje zároveň revidovat současnou databázi alergenů, která je náchylná k chybné identifikaci biochemických tříd alergenů. Projekt je zaměřen jak na prachové roztoče (Dermatophagoides farinae a Dermatophagoidespteronyssinus), tak na roztoče skladištní (Acarus siro, Carpoglyphus lactis, Glyciphagus domesticus, Chortoglyphus arctus a Lepidoglyphus destructor). Naší hypotézou je, že lékařský významalergenů z různých biochemických skupin může souviset svýznamnými událostmi v evoluční historii roztočů, jako je ekologickýposun od volně žijícího k parazitickému. Například alergeny skupiny 1a 2 jsou nejhojnější a nejdůležitější alergeny u prachových roztočů, kteří pocházejí z parazitického předka, ale ne u volně žijících(skladištních) roztočů. Naproti tomu očekáváme, že trávicí enzymy,
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10611 - Plant sciences, botany
OECD FORD - secondary branch
10613 - Zoology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EF - Botany<br>EG - Zoology
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2027
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Feb 7, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MSM-LU-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
7,723 thou. CZK
Public financial support
7,723 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK