From refugia to resilience: the adaptive legacy of postglacial colonization.
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
SMSM2025LU001
Main participants
Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
MSMT-335/2025-2
Alternative language
Project name in Czech
Od refugií k rezilienci: adaptivní dědictví postglaciální kolonizace
Annotation in Czech
Cílem navrženého projektu je identifikovat adaptivní genetickou variabilitu přítomnou v současných populacích norníka a zhodnotit, do jaké míry je tato variabilita důsledkem toku genů mezi populacemi z různých glaciálních refugií a jaký je její význam pro adaptaci na budoucí klimatické změny způsobené globálním oteplováním. Projekt má tři hlavní specifické cíle, které budou řešeny ve třech etapách projektu, jež se vzájemně prolínají. Cíl 1: Určit původ adaptivní diverzity lokální ancestrální analýzou. Využitím nedávno vyvinutých nástrojů pro analýzu lokálního ancestrálního původu (local ancestry inference; Bailey 2024; Preckler-Quisquater et al., 2023) vyhodnotíme na úrovni jednotlivých SNPs a genů míru, do jaké je adaptivní genomická diverzita ve středoevropských populacích výsledkem genového toku mezi populacemi pocházejícími z karpatských a středomořských refugií. Osekvenujeme celé genomy norníků z populací v oblastech glaciálních refugií ve Středomoří a v Karpatech a z různých lokalit ve střední Evropě. Podobně jako v předchozích studiích považujeme pro účely tohoto projektu za střední Evropu oblast severně od Středomoří, ale mimo Skandinávii a Velkou Británii (Horníková et al., 2021). Naše předchozí výsledky omezeného počtu SNPs (získaných metodou GBS, genotyping-by-sequencing) naznačily, že oproti původním předpokladům založeným na analýze mtDNA, některá středomořská refugia přispěla genetickým materiálem populacím ve střední Evropě, kolonizovaným převážně z karpatského refugia (Marková et al., 2020; Horníková et al., 2021). Celogenomové sekvenování použité v navrhovaném projektu zajistí rovnoměrné pokrytí genomu velkým množstvím SNPs (statisíce až miliony SNPs) včetně funkčních genů, které jsou v datech GBS zastoupeny jen v omezeném procentu, ale pro studium adaptace jsou klíčové.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
OECD FORD - secondary branch
10618 - Ecology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology<br>EH - Ecology - communities
Solution timeline
Realization period - beginning
Mar 1, 2025
Realization period - end
Dec 31, 2028
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-MSM-LU-R
Data delivery date
Feb 5, 2025
Finance
Total approved costs
8,365 thou. CZK
Public financial support
8,365 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK