Study of Internal Dynamics of Biologically Important Intrinsically Disordered Proteins
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
SMSM2022LU002
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
-
Alternative language
Project name in Czech
Studium vnitřní dynamiky biologicky významných neuspořádaných proteinů
Annotation in Czech
Naším prvním cílem je studovat dosud neprozkoumané pohyby flexibilních podjednotek bakteriálních polymeras. Navážeme na naši předchozí práci popisující dynamiku páteře delta podjednotky z bakterie Bacillus subtilis a zaměříme se na pohyby jejích bočních řetězců. Tento cíl vyžaduje také vypracování metodologie NMR měření (NMR = nukleární magnetická resonance) dynamiky bočních řetězců lysinů a kyselých aminokyselin, které jsou zásadní pro funkci studované delta podjednotky. Naměřená data plánujeme použít pro verifikaci dynamiky bočních řetězců získaných ze simulací molekulové dynamiky. Druhým cílem je porovnat dynamiku delta podjednotky z B. subtilis s dynamikou jejího homologa z patogenní bakterie Staphylococcus aureus, případně mutanta, který homologní podjednotku napodobuje. Ve třetím cíli se budeme věnovat dynamice N-terminální domény isoformy MAP2c (MAP = proteiny asociaované s mikrotubulami). S užitím neortoxní NMR metody (tzv. měření relaxometricjých dat s vysokým rozlišením) máme v plánu detailně popsat vnitřní pohyby MAP2c na časové škále pikosekund až nanosekund, které obecně dominují dynamiku přirozeně neuspořádaných proteinů mezi něž MAP2c patří. Dále budeme studovat pohyby postranních řetězců aminokyselin, které jsou zásadní pro interakci N-terminální domény MAP2 s dimerizační doménou regulační podjednotky RII cAMP-dependentní kinasy PKA. Souběžně budeme charakterizovat i dynamiku MAP2c vázaného na dimerizační doménu RII cAMP-dependentní kinasy PKA. Dalším cílem bude tedy simulace molekulové dynamiky jak volného MAP2c tak MAP2c interagujícího s doménou RII a nakonec se pokusíme kvantifikovat volnou energii této vazby pomocí pokročilých metod simulace molekulové dynamiky.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics<br>CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Sep 1, 2023
Realization period - end
Sep 30, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Feb 15, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MSM-LU-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
5,748 thou. CZK
Public financial support
5,748 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK