DNA SPECIFICITY-DETERMINING SUBUNITS OF BACTERIAL RNA POLYMERASE WITH FLEXIBLE DOMAINS: FUNCTION AND DYNAMICS
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 17 (SGA0201300005)
Main participants
Masarykova univerzita / Středoevropský technologický institut<br>Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
13-16842S
Alternative language
Project name in Czech
PODJEDNOTKY URČUJÍCÍ DNA SPECIFICITU BAKTERIÁLNÍ RNA POLYMERÁZY S FLEXIBILNÍMI DOMÉNAMI: FUNKCE A DYNAMIKA
Annotation in Czech
V G+ bakteriích jsou delta a sigma podjednotky RNA polymerázy (RNAP) zásadními determinanty její specifity pro promotorovou DNA. Podjednotky delta i vegetativní sigmaA (SigA) obsahují domény, které se pohybují vůči zbytku molekuly. V současnosti jsme vyřešili 3D strukturu delty z Bacillus subtilis a identifikovali dvě domény v tomto proteinu. Popsali jsme vliv delty na transkripci z vybraných promotorů a identifikovali jsme přibližnou polohu delty na RNAP, kde se váže v blízkosti SigA. Navrhujeme určit vliv delty na celogenomové úrovni, určit funkci jednotlivých domén delty a vytvořit strukturní model delty a SigA v komplexu s RNAP, který popíše i dynamiku jejich flexibilních částí a charakterizuje jejich vzájemné interakce. Tyto experimenty nám umožní vytvořit komplexní model buněčné role proteinu delta. Výsledky projektu významně posunou naše porozumění transkripční mašinerii z G+ bakterií, které zahrnují řadu medicinálně a průmyslově významných druhů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Significant results which meet criteria of excellent research, demonstrated by publications in high profiled journals. Important contribution to our understanding of transcription machinery in bacteria.
Solution timeline
Realization period - beginning
Feb 1, 2013
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 27, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
May 4, 2018
Finance
Total approved costs
11,495 thou. CZK
Public financial support
11,495 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK