Multiscale methods for simulations of unstructured proteins

Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
—
Call for proposals
SMSM2024LU004
Main participants
Vysoká škola chemicko-technologická v Praze / Fakulta potravinářské a biochemické technologie
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
-

Project name in Czech
Víceúrovňové metody pro simulace nestrukturovaných proteinů
Annotation in Czech
Cílem projektu je vyvinout novou metodu pro jednoduchou predikci dynamiky proteinu na základě předpovědi jeho struktury programem AlphaFold nebo podobným. Tato metoda bude založena na predikci pravděpodobností vzdáleností jednotlivých residuí proteinu vybraným programem. Tato informace bude převedena do hrubozrnných modelů dynamiky proteinu. Tyto modely budou použity pro vytvoření mapy konformačního prostoru proteinu. Nakonec, pomocí simulace molekulové dynamiky a metadynamiky bude tento konformační prostor prozkoumán a charakterizován ve formě předpovědi termodynamiky konformačních změn. Metoda bude testována ve spolupráci s dalšími skupinami v akci COST (Slovensko, Dánsko), na části proteinu tau a jeho oligomerech nebo na části proteinu p14ARF. Získaná metoda bude prezentovaná jako publikace v odborném časopise, počítačový program, případně jako webová služba.

R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
10403 - Physical chemistry
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>CF - Physical chemistry and theoretical chemistry<br>EB - Genetics and molecular biology

Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-MSM-LU-R
Data delivery date
Mar 7, 2025

Similar projects(10)