Exploring Conformational Space of Short Peptides by Advanced Quantum Chemical and Solvation Methods: A Key to Understand Protein Structures?
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 21 (SGA0201700001)
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-24155S
Alternative language
Project name in Czech
Mapování konformačního prostoru krátkých peptidů pokročilými kvantově-chemickými a solvatačními metodami: klíč k pochopení struktury proteinů?
Annotation in Czech
Cílem projektu je podrobné a vyčerpávající zmapování komplexního konformačního prostoru krátkých peptidů a prozkoumání vztahu mezi tímto prostorem a skládáním proteinů. To zahrnuje odvození a kalibraci efektivního a robustního výpočetního protokolu, který identifikuje všechna lokální minima na hyperploše volné energie molekul střední velikosti (100-200 atomů). Protokol musí být nutně založen na přesných, přesto efektivních kvantově chemických metodách a pokročilých solvatačních metodách, jakou je například COSMO-RS. To nám umožní vypočítat a analyzovat kompletní konformační prostor tripeptidů složených z 20 přirozeně se vyskytujících aminokyselin (8000 systémů) . Rozšíření velikosti systému pro vybrané peptidové sekvence (až na úroveň hexapeptidů) může odhalit tzv. konformační "size-extensivity". V neposlední řadě lze plně využít této kompletní sady (snad dostatečně přesných) "ab initio" dat a porovnat je s existujícími strukturními motivy v existujících proteinech, a odpovědět na jednu z fundamentálních otázek: "Nakolik je struktura proteinů vetkána do jejich stavebních kamenů?"
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project aimed at understanding the „rules for protein folding game“ using conformational sampling by quantum chemical methods. This resulted in many interesting results in that direction and opened new questions. Overall, the project was successful. The work resulted in 8 publications in physical chemistry, computational and general chemistry journals. Students were involved in the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 3, 2019
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-GA0-GA-U/02:1
Data delivery date
Jul 23, 2020
Finance
Total approved costs
5,100 thou. CZK
Public financial support
3,531 thou. CZK
Other public sources
1,569 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK