Analysis of chromosome pairing and recombination of homeologous chromosomes in (paleo)polyploid Brassicaceae species
Project goals
Amfidiploid genome of Brassica napus (AC genome; 2n=38) has been established via interspecific hybridization between B. oleracea (C; 2n=18) and B. rapa (A; 2n=20). Dr. Jenczewski et al. showed the different recombination frequency between homeologous chromosomes as well as chromosome rearrangements in some haploid B. napus (n=19) lines. The goal of this project is a detailed molecular and cytogenetic analysis of homeologous chromosome pairing in the B. napus genome. To fulfil this target, identificationof A- and C-genome derived chromosomes is necessary. Chromosome painting using chromosome-specific BAC clones of Arabidopsis thaliana and B. rapa has been shown as an efficient method of chromosome identification. Chromosome painting using larger DNA probes (BAC contigs) will be used to characterize potential chromosome rearrangements in the B. napus genome. Comparative analysis of homeologous chromosome pairing will be also carried out in related paleohexaploid species of the tribe Brassiceae. Experi
Keywords
BrassicaceaeBrassicameiosischromosome pairingpolyploidyrecombinationchromosome paintingchromosome homeology
Public support
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
Programme
KONTAKT
Call for proposals
—
Main participants
—
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
6094/2009-32
Alternative language
Project name in Czech
Analýza párování a rekombinace homeologních chromosomů u (paleo)polyploidních druhů brukvovitých (Brassicaceae)
Annotation in Czech
Amfidiploidní genom řepky olejky (Brassica napus; 2n=38, AC genom) vznikl hybridizací diploidních brukví B. oleracea (C; 2n=18) a B. rapa (A; 2n=20). Dr. Jenczewski et al. prokázali rozdílnou frekvenci rekombinace mezi homeologními chromosomy a výskyt chromosomových přestaveb u vybraných haploidních linií B. napus (n=19). Cílem projektu je detailní molekulárně-cytogenetická analýza meioticého párování homeologních chromosomů v genomu B. napus. Nezbytným předpokladem této analýzy je identifikace A a C chromosomů pomocí chromosomově specifických cytogenetických markerů. Efektivní metodou se v tomto směru ukázal být chromosomální painting, využívající chromosomově specifické BAC klony Arabidopsis thaliana a B. rapa, v kombinaci s in situ lokalizací genomově specifických centromerických sekvencí a rDNA sond. Chromosomální painting s většími DNA sondami (BAC kontigy) bude také použit k charakterizaci potenciálních chromosomových přestaveb v genomu B. napus. Komparativní analýza karyotypu a homeologního p
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The Czech-French project aimed to foster an in-depth description of meiotic chromosome pairing and recombination in Brassica napus haploids and derived hybrids and in several Brassicaceae species endemic to Australia (studied by the Czech group). This close cooperation resulted in several presentations at national and intenational meetings and in two scientific publications.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jul 1, 2008
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-MSM-ME-U/01:1
Data delivery date
Jun 30, 2010
Finance
Total approved costs
72 thou. CZK
Public financial support
72 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
72 CZK thou.
Public support
72 CZK thou.
100%
Provider
Ministry of Education, Youth and Sports
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 07. 2008 - 31. 12. 2009