Next generation sequencing for analysis of antigen receptor rearrangements and its use for assessment of immune system pathologies
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Ministry of Health?s Departmental Research and Development Programme III
Call for proposals
VaV pro Ministerstvo zdravotnictví III 4 (SMZ0201301)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NT14343-3/2013
Alternative language
Project name in Czech
Sekvenování nové generace pro analýzu přestaveb receptorů pro antigeny a jeho využití v hodnocení patologických stavů imunity
Annotation in Czech
Sekvenování nové generace (NGS) je převratnou metodou s výstupem statisíců až milionů přečtených sekvencí, která začíná být dostupná v běžné laboratorní praxi. NGS se nabízí jako ideální metoda pro určení spektra přestaveb genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TCR), která přinese komplexní informaci o zastoupení a kinetice lymfocytárních klonů s konkrétními sekvencemi receptorů pro antigeny. V předkládaném projektu plánujeme tuto metodu validovat pro účely sledování minimální reziduální nemoci (MRN) u lymfoidních malignit s předpokladem, že NGS předčí stávající metodu kvantifikace konkrétního klonu ve všech aspektech, včetně finančního. Současně s MRN bude možno studovat obnovování repertoáru Ig a TCR po iniciální chemoterapii a po transplantaci hemopoetických progenitorů u dětské akutní lymfoblastické leukémie a kinetiku konkrétních populací nemaligních lymfocytů cílených proti infekcím, reziduálním leukemickým buňkám, případně vlastním antigenům v případě reakce štěpu proti hostiteli.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
EC - Immunology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
30102 - Immunology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The developed method of antigen receptor rearrangement by NGS proved to be a strong tool for prognostication, being faster, more specific and cheaper that previous methods and providing overall picture of immune system in leukemia after chemotherapy.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2013
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 20, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-MZ0-NT-U/02:1
Data delivery date
Dec 19, 2016
Finance
Total approved costs
5,852 thou. CZK
Public financial support
5,852 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK