The development and standardization of method for analysis of antigen receptor gene rearrangements using next generation sequencing for use in immunoh
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Programme to support medical applied research in 2015 to 2022
Call for proposals
Zdravotnický AV 2 (SMZ0201601)
Main participants
Univerzita Karlova / 2. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
16-32568A
Alternative language
Project name in Czech
Vývoj a standardizace metody analýzy přestaveb genů pro antigení receptory pomocí sekvenování nové generace pro využití v imunohematologii
Annotation in Czech
Díky sekvenování nové generace (NGS) je nyní možné sekvenovat všechny přestavby genů pro imunoglobuliny (Ig) a T-buněčné receptory (TR) v biologických vzorcích. Několik skupin, včetně naší, již prezentovalo výsledky dokládající využitelnost detekce Ig/TCR pro stanovení minimální reziduální nemoci (MRD) u lymfoidních malignit a pro hodnocení imunitního repertoáru za fyziologických I patologických podmínek. I přes neoddiskutovatelné výhody má NGS stále závažné nedostatky, které brání použití metody pro rutinní diagnostiku. Cílem tohoto projektu je (i) zavést a standardizovat v rámci mezinárodní spolupráce různé typy Ig/TCR systémů pro detekci MRD u lymfoproliferativních malignit, (ii) prospektivně zhodnotit proveditelnost a využitelnost nového přístupu založeného na NGS v porovnání se současnými standardně používanými metodami (kvantitativní PCR a průtoková cytometry) na kohortě pacientů s akutní lymfoblastickou leukémií.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
EC - Immunology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
FD - Oncology and haematology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30102 - Immunology<br>30204 - Oncology<br>30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
In conclusion, the project is with no doubts very succesfully solved. Main outcomes of the project is improvment of current diagnostic methods in the field of hematooncology. It is very likely that results of the project will be incorporated into common clinical practice in Czech republic but also worldwide. Main contribution is development and standardization of modern methods of NGS for detection of cell clonality in ALL but with extension to other hematological malignities. Results have direct clinical impact due to establishment of SOP and highly improve or even replace current methods. Quantitatively was project also succesfully finished - 3 original papers, 1 review. Thera are no issues in the economical part of the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2016
Realization period - end
Dec 31, 2019
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 28, 2018
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP20-MZ0-NV-U/03:1
Data delivery date
Jul 1, 2020
Finance
Total approved costs
9,663 thou. CZK
Public financial support
9,663 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK