Antibiotic resistance routes of dissemination, means of evolution and adaptation: Incorporating WGS in the equation
Project goals
Growing incidence of bacteria resistant to last-line antibiotics represents one of the most important medical issue, complicating the successful treatment of life-threatening infections. In this project, molecular-epidemiological and genomic analysis of carbapenemase-producing Enterobacterales (CPE) isolated from patients in Czech hospitals and its comparison with the carbapenem-susceptible population will be performed. Whole genome sequencing and bioinformatics analysis will allow to identify specific features of CPE, high-risk clones with increased importance for public health and mobile genetic elements associated with the dissemination of resistance to carbapenems in hospitals. Complex genomic analysis will reveal genetic structure of the studied bacterial populations including their dynamics through microevolutionary changes in the clinical context of a hospital outbreak. The project outcomes will be used to improve the diagnostics of infectious diseases and to outline effective interventions for the prevention and control of the transmission of bacterial pathogens.
Keywords
Whole-genome sequencingantibiotic resistanceantibiotická rezistencekarbapenemypopulační studiecarbapenemsgenomikagenomicsEnterobacteralescelogenomová sekvenaceEnterobacteralespopulation study
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202000001
Main participants
Univerzita Karlova / Lékařská fakulta v Plzni
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU20J-05-00033
Alternative language
Project name in Czech
Cesty šíření, evoluce, adaptace a význam antibiotické rezistence: aplikace celogenomové sekvenace
Annotation in Czech
Narůstající incidence bakterií rezistentních k antibiotikům poslední volby představuje jeden z nejvýznamnějších medicínských problémů, který komplikuje úspěšnou léčbu život ohrožujících infekcí. V rámci navrhovaného projektu bude provedena molekulárně-epidemiologická/genomická analýza Enterobacterales produkujících karbapenemázy (CPE) izolovaných z pacientů hospitalizovaných v českých nemocnicích a srovnání s bakteriální populací citlivou ke karbapenemům. S využitím nejmodernějších postupů celogenomového sekvenování a bioinformatické analýzy budou identifikovány jedinečné rysy CPE, vysoce rizikové klony se zvýšeným významem pro zdraví populace a mobilní genetické elementy spojené s šířením rezistence ke karbapenemům v nemocnicích. Komplexní genomická analýza umožní popsat genetickou strukturu sledovaných bakteriálních populací včetně její dynamiky prostřednictvím mikroevolučních změn během šíření nemocničních nákaz. Výsledky projektu budou bezprostředně využity pro zlepšení a zpřesnění diagnostiky infekčních nemocí a návrh účinnějších postupů v prevenci a kontrole šíření patogenů.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The professional contribution of the project is mainly the clarification of the spread of bacterial clones and plasmids carrying genes for resistance, not only to carbapenems. The most modern methods of molecular biology, including the sequencing of so-called long reads, were used to solve it, which enable a better characterization of the structure of bacterial genomes. The obtained results are valuable not only for the field of clinical microbiology, but also for epidemiological studies and infectious medicine. Project outputs are documented and clearly presented. They clearly exceed the original goals and exceed the demands expected from the Junior Project solution. The project does not have serious deficiencies in the form of deviations from the procurement documentation or in the use of financial resources.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2023
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-U
Data delivery date
Jul 3, 2024
Finance
Total approved costs
9,370 thou. CZK
Public financial support
9,370 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
9 370 CZK thou.
Public support
9 370 CZK thou.
100%
Provider
Ministry of Health
OECD FORD
Microbiology
Solution period
01. 05. 2020 - 31. 12. 2023