Transcriptomics and DNA methylation analysis in patients with focal cortical dysplasia
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202100001
Main participants
Masarykova univerzita / Lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU21-04-00305
Alternative language
Project name in Czech
Analýza transkriptomu a metylace DNA u pacientů s fokální kortikální dysplázií
Annotation in Czech
Navzdory skutečnosti, že fokální kortikální dysplázie představují nejčastější příčinu chirurgicky léčitelné fokální farmakorezistentní epilepsie, v současné době dostatečně nerozumíme patogenezi jejich vzniku. Genetické změny na úrovni somatického nebo germinálního genomu mTOR signální kaskády osvětlí přibližně dvě třetiny případů FCD typu II a somatické mutace genu pro glykosylaci SLC35A2 asi třetinu případů FCD typu I. Zároveň, pětina pacientů po operaci nedosahuje stavu bez záchvatů a příčina jejich onemocnění zůstává nejasná. V posledních letech se objevují práce o zásadní roli regulace genové transkripce jak na úrovni regulačních RNA, tak na úrovni metylace DNA. Pilotní studie německých autorů ukázala, že jednotlivé podtypy FCD se navzájem liší svými metylačními profily a též se takto odlišují od jiných epileptogenních lézí. Nizozemští autoři identifikovali ve vzorcích mozkové tkáně podskupiny RNA (zejména mikroRNA), které mohou hrát regulační roli ve vzniku mesiotemporální epilepsie. Prozatím ale neznáme charakteristické transkripční profily FCD ani to, jak transkripční a metylační profily ovlivňují průběh onemocnění u pacientů s FCD. Cílem projektu je charakterizovat transkriptom a metylační profily jednotlivých podtypů FCD a identifikovat doposud neznámé signální kaskády podílející se na vzniku FCD a objasnit vztah transkripčních a metylačních profilů FCD a prognózy pacientů s FCD podstupujících epileptochirurgii. Taktéž chceme identifikovat potenciální cíle (signální dráhy), které by v budoucnu bylo možné farmakologicky ovlivnit u pacientů, u nichž operace není možná. Díky úspěšné spolupráci autorského kolektivu bude možné doplnit transkriptomická data o výsledky analýzy somatických a germinálních variant u pacientů s FCD, kteří se již vyšetřují v rámci grantu AZV 19-04-00369. Navrhovaný projekt významně přispěje k porozumění patogenezi FCD, propojení základního a klinického výzkumu a tím ke zkvalitnění péče o pacienty s fokální farmakorezistentní epilepsií
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30103 - Neurosciences (including psychophysiology)
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
FH - Neurology, neuro-surgery, nuero-sciences
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2021
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
15,339 thou. CZK
Public financial support
15,339 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK