Transcriptomics and DNA methylation analysis in patients with focal cortical dysplasia

Provider

Ministry of Health

Programme

—

Call for proposals

SMZ0202100001

Main participants

Masarykova univerzita / Lékařská fakulta

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

NU21-04-00305

Project name in Czech

Analýza transkriptomu a metylace DNA u pacientů s fokální kortikální dysplázií

Annotation in Czech

Navzdory skutečnosti, že fokální kortikální dysplázie představují nejčastější příčinu chirurgicky léčitelné fokální farmakorezistentní epilepsie, v současné době dostatečně nerozumíme patogenezi jejich vzniku. Genetické změny na úrovni somatického nebo germinálního genomu mTOR signální kaskády osvětlí přibližně dvě třetiny případů FCD typu II a somatické mutace genu pro glykosylaci SLC35A2 asi třetinu případů FCD typu I. Zároveň, pětina pacientů po operaci nedosahuje stavu bez záchvatů a příčina jejich onemocnění zůstává nejasná. V posledních letech se objevují práce o zásadní roli regulace genové transkripce jak na úrovni regulačních RNA, tak na úrovni metylace DNA. Pilotní studie německých autorů ukázala, že jednotlivé podtypy FCD se navzájem liší svými metylačními profily a též se takto odlišují od jiných epileptogenních lézí. Nizozemští autoři identifikovali ve vzorcích mozkové tkáně podskupiny RNA (zejména mikroRNA), které mohou hrát regulační roli ve vzniku mesiotemporální epilepsie. Prozatím ale neznáme charakteristické transkripční profily FCD ani to, jak transkripční a metylační profily ovlivňují průběh onemocnění u pacientů s FCD. Cílem projektu je charakterizovat transkriptom a metylační profily jednotlivých podtypů FCD a identifikovat doposud neznámé signální kaskády podílející se na vzniku FCD a objasnit vztah transkripčních a metylačních profilů FCD a prognózy pacientů s FCD podstupujících epileptochirurgii. Taktéž chceme identifikovat potenciální cíle (signální dráhy), které by v budoucnu bylo možné farmakologicky ovlivnit u pacientů, u nichž operace není možná. Díky úspěšné spolupráci autorského kolektivu bude možné doplnit transkriptomická data o výsledky analýzy somatických a germinálních variant u pacientů s FCD, kteří se již vyšetřují v rámci grantu AZV 19-04-00369. Navrhovaný projekt významně přispěje k porozumění patogenezi FCD, propojení základního a klinického výzkumu a tím ke zkvalitnění péče o pacienty s fokální farmakorezistentní epilepsií

R&D category

AP - Applied research

OECD FORD - main branch

30103 - Neurosciences (including psychophysiology)

OECD FORD - secondary branch

—

OECD FORD - another secondary branch

—

CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

FH - Neurology, neuro-surgery, nuero-sciences

Provider evaluation

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Project results evaluation

1. Scientific contribution The project provided important insights into molecular mechanisms of focal cortical dysplasia and epileptogenesis, particularly transcriptomic and DNA methylation changes. A methylation-based classification model with diagnostic potential was developed. 2. Adequacy of results The reported results are consistent with the project scope. More than 140 brain tissue samples were analyzed, and the main objectives were achieved despite COVID-19-related limitations. 3. Importance for other fields The project is relevant for epileptology, neuropathology, and personalized medicine, with potential impact on diagnostics and epilepsy surgery indications. 4. Outputs The project produced 6 Jimp publications, including papers in Q1 journals, and several presentations at international conferences. 5. Shortcomings No major deficiencies in financial management or compliance were identified. The only minor limitation is the absence of a Data Management Plan (DMP).

Realization period - beginning

May 1, 2021

Realization period - end

Dec 31, 2025

Project status

U - Finished project

Latest support payment

Mar 4, 2025

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP26-MZ0-NU-U

Data delivery date

Jul 13, 2026

Total approved costs

15,329 thou. CZK

Public financial support

15,259 thou. CZK

Other public sources

70 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK