Uncovering novel genetic causes of focal malformations of cortical development
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202300001
Main participants
Fakultní nemocnice v Motole
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU23-04-00209
Alternative language
Project name in Czech
Objasňování nových genetických příčin fokálních malformací kortikálního vývoje
Annotation in Czech
Fokální malformace kortikálního vývoje (malformations of cortical development - MCD) patří k nejčastějším příčinám farmakorezistentní epilepsie u dětí i dospělých podstupujících epileptochirurgii. V našem předchozím grantu NV19-04-00369 jsme zavedli základní molekulárně-genetickou diagnostiku u pacientů s fokální kortikální dysplázií (focal cortical dysplasia - FCD) a podařilo se nám objasnit genetickou příčinu u 21% pacientů s FCD a vybranými MCD. Navzdory našim snahám ale zůstává většina pacientů s fokální MCD geneticky neobjasněna, což platí i ve velkých mezinárodních souborech. Proto navrhujeme projekt, v němž chceme objasnit genetickou příčinu fokálních MCD u skupiny pacientů, u nichž nebyla nalezena použitím metod zavedených v grantu NV-04-00369. Nedávné publikace ukazují, že analýza korelace genotypu a fenotypu pacientů s využitím tzv. HPO (human phenotype ontology) terms a dat z celoexomového sekvenování (whole-exome sequencing - WES) umožňuje nalézt nové genetické příčiny epilepsie. Analýza WES dat získaných párovým sekvenováním DNA z krve a dysplastické mozkové tkáně zvyšuje počet nově nalezených variant v lidských genech, včetně genů doposud nespojovaných s MCD. Dále, metoda digitální kapénkové PCR se ukazuje být spolehlivou metodou pro validaci variant přítomných v mozkové tkáni, krvi a mozkomíšním moku s velmi nízkou frekvencí variantní alely. V navrhovaném projektu proto chceme zavést výše uvedené pokročilé molekulárně-genetické metody u pacientů, u nichž dosavadní metody nevedly k objasnění genetické příčiny jejich fokální MCD, objasnit jejich genetickou diagnózu a nalézat nové geny podílející se na vzniku fokálních MCD.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30101 - Human genetics
OECD FORD - secondary branch
30210 - Clinical neurology
OECD FORD - another secondary branch
30109 - Pathology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology<br>FH - Neurology, neuro-surgery, nuero-sciences<br>FP - Other medical fields
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
15,558 thou. CZK
Public financial support
15,558 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK