Exploring causes of the neurogenetic disorders with the newest genomic methods
Project goals
The diagnostic yield of next generation sequencing (NGS) with a gene panel in patients with neurogenetic disorders is only 25%. In other words, up to 75% of these patients remain without a genetic diagnosis after routine genetic testing. In these patients with hereditary peripheral neuropathy (HPN) or spastic paraparesis (HSP) and without genetic diagnosis, we want to continue with the research into the disease cause. We want to offer these patients additional diagnostics through the use of different, new genomic methods to help elucidate the cause of their disorder. The whole exome (WES), whole genome sequencing (WGS) and the advanced methods used for the analyses of these data will detect not only commonly analysed point variants, but also the advanced detection of copy number variants (CNV). Moreover, we want to introduce the detection of DNA repeat expansions that are not commonly detected by NGS. WES and WGS can detect the cause of a disease in 10 – 20 % of patients already examined by a NGS gene panel. These methods can also detect hitherto undiscovered and novel causes of the disease as well as discover new subtypes of neurogenetic disorders. Moreover, we will extend our research with a new method, the long-read sequencing (LRS). LRS can detect variants not visible with WES or WGS. Therefore, we will use LRS in patients with an evident genetic cause of the disease, but where the diagnostic methods have already been exhausted. To know the cause of the disease at the molecular level is necessary for proper diagnostics, prevention of disease recurrence in the family and causal treatment. The project continues the successful identification of new causes of rare inherited disorders and the implementation of new research methods into routine diagnostics of patients with neurogenetic disorders.
Keywords
Next generation sequencingwhole exome sequencingLRS – sekvenování pomocí dlouhých čteníomické metodymasivně paralelní sekvenováníneurogenetická onemocněníceloexomové sekvenovánícelogenomové sekvenováníneurogenetic disorderswhole genome sequencingLRS - long read sequencingomic methods
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Univerzita Karlova / 2. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-04-00097
Alternative language
Project name in Czech
Objasňování příčin neurogenetických nemocí s využitím nejnovějších genomických metod
Annotation in Czech
Výtěžnost masivně paralelního sekvenování (MPS) panelu genů u pacientů s neurogenetickým onemocněním je téměř 25 %. To znamená, že za pomoci rutinních diagnostických testů nejsme schopni u více jak 75 % pacientů objasnit genetickou příčinu jejich onemocnění. U těchto pacientů s dědičnou periferní neuropatií a spastickou paraparézou chceme dále pokračovat s vyšetřováním příčin onemocnění za použití různých nových genomických metod. Chceme provést celoexomové (WES) a celogenomové (WGS) sekvenování a rozšířit provedené analýzy o nové metody hodnocení dat. Bude probíhat nejen běžné hodnocení bodových záměn, ale i hodnocení změn v počtu kopií (CNV) a chceme zavést také hodnocení expanzí repetic v DNA, které běžné zpracování MPS dat nezachytí. WES a WGS může detekovat příčinu onemocnění u 10-20 % pacientů s nejasnou příčinou nemoci, již vyšetřených pomocí MPS panelu genů. Tyto metody mohou vést i k odhalení kauzálních variant v genu, dosud nespojovaným s žádným onemocněním, a tak vést k objevu nových podtypů neurogenetických onemocnění. Nová metodika, long-read sequencing (LRS) umožňuje detekovat varianty, které jsou nezachytitelné WES i WGS. Proto ji chceme zařadit jako nejnovější diagnostický krok u pacientů s evidentní genetickou příčinou neurologického onemocnění, ale již vyčerpanými dostupnými možnostmi genetické diagnostiky a stále neobjasněnou příčinou jejich onemocnění. Objasnění příčiny onemocnění na molekulární úrovni je nezbytné pro přesnou diagnostiku, prevenci opakování onemocnění v rodině a kauzální léčbu, stále rozšířenější. Projekt umožní pokračovat v úspěšném odhalování příčin vzácných dědičných nemocí a zavádění metod do diagnostické praxe ve skupině pacientů s neurogenetickým onemocněním.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Apr 12, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-MZ0-NU-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
10,731 thou. CZK
Public financial support
10,731 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
10 731 CZK thou.
Public support
10 731 CZK thou.
0%
Provider
Ministry of Health
OECD FORD
Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
Solution period
01. 05. 2022 - 31. 12. 2025