Analysis of the genetic etiology of progressive hearing loss using WGS and innovative bioinformatics approaches

Provider

Ministry of Health

Programme

—

Call for proposals

SMZ0202400001

Main participants

Fakultní nemocnice v Motole

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

NW24J-06-00119

Project name in Czech

Analýza genetické etiologie progresivní vady sluchu pomocí WGS a inovativních bioinformatických přístupů

Annotation in Czech

Genetické příčiny progresivní či postlingvální poruchy sluchu (PPS) byly celosvětově po dlouhou dobu podceňovány na úkor příčin environmentálních. Naše pilotní studie prokázala, že genetika hraje důležitou roli v etiologii PPS (46.8 % pacientů mělo genetickou příčinu PPS). V průběhu studie jsme zjistili, že i přes vyšetření pomocí sekvenování celého exomu (WES) nebylo možné u části pacientů zjistit příčinu PPS, a to i u zjevně dědičných (tři a více přímých příbuzných s PPS). Může se jednat o varianty v dosud neznámých genech či hluboké intronické varianty stávajících genů, nezachytitelné pomocí WES. Odpověď může přinést kombinace sekvenování celého genomu (WGS) a vylepšených bioinformatických přístupů. Plánujeme vyšetření WGS u 40-60 pacientů s jasně hereditární PPS. Pacienty vybereme z pečlivě vybrané kohorty 230-260 českých pacientů s PPS a negativním výsledkem WES. Bude se jednat jednak o vybrané familiární případy z původního souboru 126 pacientů s PPS (již vyšetřených v rámci pilotní studie) a jednak 100-130 nových pacientů v rámci této studie, u kterých provedeme sekvenčně vyšetření nejčastějších příčin hereditární PS (mutace genu GJB2 pro Connexin 26 a delece genu STRC) a poté WES.Pacienty z rodin s jasně hereditární PPS s negativním WES dále vyšetříme pomocí WGS. Veškeré WES a WGS vzorky budeme vyšetřovat pomocí nejnovějších bioinformatických metod vyvinutých na našem pracovišti v rámci přechozích projektů, nově s propojením na AI platformu www.genoox.com. V dalším kroku zapojíme do vyhodnocení variant nový přístup v podobě statistické „nabohacující“ či „enrichment“ analýzy, která nám umožní v případě nálezu rekurentních VUS v jasně definovaném souboru PPS uplatnit ACMG kritérium PS4 a reklasifikovat takové VUS varianty na pravděpodobně patogenní. V této fázi rozšíříme, v rámci, již domluvené spolupráce s dalšími pracovišti disponujícími menšími soubory pacientů s PPS, náš soubor tak, abychom společně dosáhli statisticky významného počtu 500 WES/WGS vzork

R&D category

AP - Applied research

OECD FORD - main branch

30101 - Human genetics

OECD FORD - secondary branch

30206 - Otorhinolaryngology

OECD FORD - another secondary branch

10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)

CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

AF - Documentation, librarianship, work with information<br>BC - Theory and management systems<br>BD - Information theory<br>EB - Genetics and molecular biology<br>FF - ENT (ie. ear, nose, throat), ophthalmology, dentistry<br>IN - Informatics

Realization period - beginning

May 1, 2024

Realization period - end

Dec 31, 2027

Project status

Z - Beginning multi-year project

Latest support payment

—

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP24-MZ0-NW-R

Data delivery date

Mar 25, 2024

Total approved costs

6,983 thou. CZK

Public financial support

6,983 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK