Unique molecular biology of paediatric brain tumours associated with cancer predisposition syndromes
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202100001
Main participants
Fakultní nemocnice v Motole
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU21-07-00419
Alternative language
Project name in Czech
Molekulárně genetická charakterizace dětských mozkových nádorů asociovaných se syndromy predispozice k nádorovým onemocněním
Annotation in Czech
Etiologie dětských nádorových onemocnění je ve většině případů neznámá. Některé retrospektivní studie naznačují, že přibližně u 10% pacientů je nádorové onemocnění asociováno se syndromy predispozice k nádorovému onemocnění. Tyto studie jsou ovšem často omezeny na určitou podskupinu pacientů, je vyšetřen limitovaný panel genů a jsou popisovány převážně bodové mutace a krátké inserce či delece. Práce hodnotící rozsáhlejší změny germinální DNA (např. fokální či segmentální delece) také prakticky chybí. I díky tomu je incidence genetických predispozicí je u dětí s mozkovými nádory nejasná a proto je naším prvním cílem určit frekvenci těchto predispozic na prospektivní kohortě pacientů pomocí celoexomového sekvenování. Máme připravený algoritmus analýzy dat, který odhalí nejen bodové mutace, ale také rozsáhlejší změny geminální DNA (změny počtu kopií - copy number variants (CNV)). Dále vyšetříme vzorky tkáně CNS nádorů od pacientů s prokázanou predispozicí, pomocí celoexomového sekvenování a celogenomové methylační analýzy a identifikujeme biologické odlišnosti těchto nádorů, které mohou být diagnosticky i léčebně významné. Vzhledem k úzké spolupráci s významnými světovými neuroonkologickými centry (Heidelberg a Toronto) budeme mít k dispozici validační kohortu biologicky definovaných mozkových nádorů k ověření našich dat. Na konci projektu budeme schopni určit reálnou incidenci genetických predispozic u dětských pacientů a dospívajících s mozkovými nádory. Dále budeme schopni dokumentovat biologické odlišnosti mozkových nádorů vzniklých v souvislosti s predispozicí, s předpokládaným zásadním významem pro terapii těchto pacientů.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30101 - Human genetics
OECD FORD - secondary branch
30209 - Paediatrics
OECD FORD - another secondary branch
30204 - Oncology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EB - Genetics and molecular biology<br>FD - Oncology and haematology<br>FG - Paediatrics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
uring the course of the project, a prospective cohort of 171 newly diagnosed pediatric patients with central nervous system (CNS) tumors was established. A total of 29 patients were identified as carriers of pathogenic germline variants in genes associated with oncogenic potential. In addition to known predispositions, variants were discovered in genes not previously linked to an increased risk of CNS tumor development. Tumor samples were analyzed using whole-genome methylation arrays and whole-exome sequencing (WES). The findings on the biological differences among various tumor types open up new possibilities for modifying treatment strategies and contribute to the advancement of personalized medicine. The project outcomes are fully in line with the defined objectives, hold significant importance for the field of pediatric oncology, and support the continued development of personalized medical approaches. The results have been published in a number of high-quality journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2021
Realization period - end
Dec 31, 2024
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 12, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-MZ0-NU-U
Data delivery date
Jul 1, 2025
Finance
Total approved costs
13,486 thou. CZK
Public financial support
13,486 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK