Proteogenomics classification of triple negative breast cancer for prognosis and targeted therapy
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-08-00230
Alternative language
Project name in Czech
Proteogenomová klasifikace trojitě negativních nádorů prsu ve vztahu k prognóze a cílené terapii
Annotation in Czech
Trojitě negativní nádory prsu (TNBC) představují z pohledu stávající klasifikace nádorů prsu (BC) na základě statusu hormonálních a Her2 receptorů homogenní skupinu primárně léčenou pomocí chemoterapie. Z hlediska klasifikace na základě profilů genové exprese se však jedná o molekulárně heterogenní subtyp, který lze dle různých studií rozdělit na více podtypů - nejčastěji jsou popisovány podtypy jako “basal-like“, “luminal androgen receptor“, “mesenchymal-like“ a “immunomodulatory“. Nejvyšší heterogenitu TNBC v rámci BC subtypů potvrzují i naše publikovaná pilotní proteomická data z 16 TNBC vzorků, detailní klasifikace na základě proteomových profilů (proteotypů) však nebyla dosud popsána. V rámci projektu máme připraven detailně charakterizovaný soubor 108 TNBC nádorů ve formě zmražené tkáně, dalších 146 tumorů je k dispozici ve formě parafinových bloků pro validaci. Pilotní proteomická data získaná metodou DIA-MS ukazují kvantifikovatelnost více než 7000 proteinů v každém vzorku, což představuje celosvětově nejvyšší pokrytí proteomu u BC studií. V rámci projektu bude soubor TNBC nádorů (i) klasifikován do podtypů na základě proteotypů, (ii) budou charakterizovány rozdíly v klasifikaci na základě transkriptomických (RNA-Seq) a proteomických profilů, přičemž budou identifikovány genové produkty specifické pro proteinovou úroveň, a (iii) bude analyzován vliv somatických mutací na hladiny klíčových proteinů identifikovaných v proteotypech. Cílem bude nalézt proteiny, molekulární dráhy a mutace, které jsou rozhodující pro zařazení TNBC nádorů do molekulárních podtypů na základě proteotypů, které souvisí s terapeutickou odpovědí, přežitím pacientů a které by mohly sloužit jako cíle stratifikované biologické léčby TNBC. Úloha klíčových proteinů bude funkčně studována na buněčných modelech. Na základě proteogenomické analýzy budou identifikovány pacientky vhodné pro specifické typy dostupné cílené léčby, u nichž lze v blízké budoucnosti očekávat vstup do klinické praxe.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
30204 - Oncology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
FD - Oncology and haematology
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
11,625 thou. CZK
Public financial support
11,625 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK