Whole genome sequencing analysis of selected serotypes of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in the Czech Republic
Project goals
In a number of countries including the Czech Republic, immunisation programmes involving pneumococcal conjugated vaccines (PCV) have proved highly effective and resulted in reduced incidence and case fatality rate of invasive pneumococcal disease (IPD), particularly in children under five years of age. Nevertheless, in the post-vaccination era, some serotypes of Streptococcus pneumoniae, despite being integrated in the currently used PCV, continue to persist in many countries. Moreover, IPD cases caused by non-vaccine serotypes are on the rise worldwide. It is necessary to address the question of how expansive the populations of the selected serotypes of S. pneumoniae are, to assess the efficiency of the available PCVs, and to consider the need for the introduction of a new PCVs. Whole genome sequencing (WGS) is currently the most sensitive and the most effective method to study populations of infectious agents. WGS data analysis will provide a detailed insight into the genetic relationships among the Czech populations of S. pneumoniae of all serotypes studied. The S. pneumoniae serotypes selection is based on the following inclusion criteria: high representation in IPD in the Czech Republic even after PCV was integrated into the childhood immunisation scheme for small children, causing higher case fatality rate, involvement in IPD of children vaccinated with PCV, and inclusion in new PCV. The criteria were met by the serotypes 3, 8, 19A, 22F, 33F, 10A, 11A, 12F, 15B, and 14. Isolates from the IPD from the period 2010 - 2025 will be studied, a total of 300 isolates. The results will add to the body of knowledge of the spread of genetic lineages of S. pneumoniae causing IPD in the Czech Republic in the post-PCV10 and PCV13 era and will serve as the background information when considering the need for the introduction of new multivalent PCVs (PCV15, PCV20, and PCV24) in the Czech Republic.
Keywords
Streptococcus pneumoniaeStreptococcus pneumoniaecelogenomová sekvenacewhole genome sequencinginvazivní pneumokokové onemocněníinvasive pneumococcal diseasekonjugovaná pneumokoková vakcínapneumococcal conjugate vaccine
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Státní zdravotní ústav
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-09-00433
Alternative language
Project name in Czech
Studium vybraných sérotypů Streptococcus pneumoniae působících invazivní onemocnění v České republice metodou sekvenace celého genomu
Annotation in Czech
V řadě zemí, včetně České republiky, byla prokázána vysoká účinnost vakcinačních programů s využitím pneumokokových kongjugovaných vakcín (PCV), které vedly ke snížení nemocnosti a smrtnosti invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) zejména ve věkové skupině dětí pod 5 let věku. V postvakcinačním období však v mnoha zemích přetrvávají ve zvýšené frekvenci některé sérotypy Streptococcus pneumoniae, i přes jejich přítomnost v soudobě používaných PCV. Navíc, celosvětově byl zaznamenán vzestup IPO způsobených sérotypy, které nejsou zahrnuty v současných PCV. Je nezbytné řešit otázku, nakolik expanzivní jsou populace těchto vybraných sérotypů S. pneumoniae a zhodnotit účinnost stávajících PCV versus nutnost zavedení nových PCV. Metoda sekvenace celého genomu (WGS) je v současné době nejcitlivější a nejúčinnější metodou pro studium populací infekčních agens. Analýza výsledků WGS poskytne detailní pohled na vzájemné genetické vztahy českých populací izolátů S. pneumoniae všech studovaných sérotypů. Ke studiu jsou vybrány sérotypy S. pneumoniae dle následujících kritérií: vysoká četnost výskytu u IPO v České republice i v době zavedení PCV do očkovacího schématu malých dětí, sérotypy způsobující vyšší smrtnost IPO než ostatní, sérotypy zjištěné u IPO dětí očkovaných PCV a sérotypy zařazené do nových PCV. Jedná se o tyto sérotypy: 3, 8, 19A, 22F, 33F, 10A, 11A, 12F, 15B a 14. Budou studovány izoláty z IPO za období 2010 - 2025, celkem 300 izolátů. Získané výsledky prohloubí znalosti o šíření genetických linií S. pneumoniae působících IPO v České republice v postvakcinačním (PCV10 a PCV13) období a budou podkladem ke zhodnocení vhodnosti zavedení nových vícevalentních PCV (PCV15, PCV20, PCV24) v České republice.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Apr 12, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-MZ0-NU-R
Data delivery date
Mar 12, 2025
Finance
Total approved costs
7,086 thou. CZK
Public financial support
6,460 thou. CZK
Other public sources
626 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
7 086 CZK thou.
Public support
6 460 CZK thou.
91%
Provider
Ministry of Health
OECD FORD
Microbiology
Solution period
01. 05. 2022 - 31. 12. 2025