Molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, assessment of vaccination strategy and recommendation for update
Project goals
The aim is the development of molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, the assessment of current vaccination strategy effectiveness and recommendations for strategy updating. The following steps will be used: collection of S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the period from 2017-2020; implementation of molecular typing (mPCR, rt-PCR) of S. pneumoniae directly from clinical specimens of culture-negative patients; molecular characterization by MLST (Multi Locus Sequence Typing), MLVA (Multi Locus Variable Analysis), WGS (Whole Genome Sequencing) of selected S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the period 2007-2020; analysis of molecular characteristics of S. pneumoniae strains isolated from patients with invasive pneumococcal disease in the periods before and after introduction of pneumococcal conjugated vaccine into the immunization programme for young children; assessment of current vaccination strategy effectiveness and recommendations for its updating.
Keywords
PCRPCRInvazivní pneumokokové onemocněnímolekulární surveillanceMLSTMLVAWGSvakcinační strategieInvasive pneumococcal diseasemolecular surveillanceMLSTMLVAWGSvaccination strategy
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Programme to support medical applied research in 2015 to 2022
Call for proposals
Zdravotnický AV 3 (SMZ0201701)
Main participants
Státní zdravotní ústav
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
17-29256A
Alternative language
Project name in Czech
Molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, hodnocení vakcinační strategie a doporučení k aktualizaci
Annotation in Czech
Cílem projektu je vyvinutí molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace. Vytčené cíle budou dosaženy těmito postupy: sběr kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2017-2020; implementace molekulární identifikace a typizace (mPCR, rt-PCR) S. pneumoniae přímo z klinických vzorků u pacientů kultivačně negativních; molekulární charakterizace MLST (multilokusová sekvenační typizace), MLVA (multilokusová analýza tandemových repetic) a WGS (sekvenace celého genomu) vybraných kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2007-2020; analýza molekulárních charakteristik S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období před a po zavedení pneumokokové konjugované vakcíny do očkovacího schématu malých dětí; zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
CEP classification - main branch
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30302 - Epidemiology
30303 - Infectious Diseases
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
1. The professional contribution of the project is the development of molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, collection and identification of Czech isolates of S. Pneumoniae isolated from patients in the time period 2017-2020, their inclusion in national and international surveillance databases, necessary for further collaboration in monitoring epidemiology at the molecular and population level. I also consider the use of the results in an international project on surveillance of invasive respiratory infections and monitoring of invasive infections caused by pneumococcus during the covid-19 pandemic, involving 26 countries from 6 continents, to be a contribution of the project. The project also contributed to the molecular identification and typing of pneumococcus and the selection of an appropriate method to investigate clinical samples from patients from primarily sterile sites, i.e. from whole blood, serum, liquor or tissue. The project also a
Solution timeline
Realization period - beginning
Apr 1, 2017
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 19, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-MZ0-NV-U
Data delivery date
Jan 24, 2022
Finance
Total approved costs
6,516 thou. CZK
Public financial support
6,195 thou. CZK
Other public sources
321 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
6 516 CZK thou.
Public support
6 195 CZK thou.
95%
Provider
Ministry of Health
CEP
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution period
01. 04. 2017 - 31. 12. 2021