Molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, assessment of vaccination strategy and recommendation for update

Provider

Ministry of Health

Programme

Programme to support medical applied research in 2015 to 2022

Call for proposals

Zdravotnický AV 3 (SMZ0201701)

Main participants

Státní zdravotní ústav se sídlem v Praze

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

17-29256A

Project name in Czech

Molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, hodnocení vakcinační strategie a doporučení k aktualizaci

Annotation in Czech

Cílem projektu je vyvinutí molekulární surveillance invazivního pneumokokového onemocnění v České republice, zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace. Vytčené cíle budou dosaženy těmito postupy: sběr kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2017-2020; implementace molekulární identifikace a typizace (mPCR, rt-PCR) S. pneumoniae přímo z klinických vzorků u pacientů kultivačně negativních; molekulární charakterizace MLST (multilokusová sekvenační typizace), MLVA (multilokusová analýza tandemových repetic) a WGS (sekvenace celého genomu) vybraných kmenů S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období 2007-2020; analýza molekulárních charakteristik S. pneumoniae izolovaných od nemocných s invazivním pneumokokovým onemocněním v období před a po zavedení pneumokokové konjugované vakcíny do očkovacího schématu malých dětí; zhodnocení účinnosti aktuální vakcinační strategie a doporučení její aktualizace.

R&D category

AP - Applied research

CEP classification - main branch

FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology

CEP - secondary branch

EB - Genetics and molecular biology

CEP - another secondary branch

—

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30302 - Epidemiology<br>30303 - Infectious Diseases

Provider evaluation

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Project results evaluation

1. The professional contribution of the project is the development of molecular surveillance of invasive pneumococcal disease in the Czech Republic, collection and identification of Czech isolates of S. Pneumoniae isolated from patients in the time period 2017-2020, their inclusion in national and international surveillance databases, necessary for further collaboration in monitoring epidemiology at the molecular and population level. I also consider the use of the results in an international project on surveillance of invasive respiratory infections and monitoring of invasive infections caused by pneumococcus during the covid-19 pandemic, involving 26 countries from 6 continents, to be a contribution of the project. The project also contributed to the molecular identification and typing of pneumococcus and the selection of an appropriate method to investigate clinical samples from patients from primarily sterile sites, i.e. from whole blood, serum, liquor or tissue. The project also a

Realization period - beginning

Apr 1, 2017

Realization period - end

Dec 31, 2021

Project status

U - Finished project

Latest support payment

Mar 19, 2020

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP22-MZ0-NV-U

Data delivery date

Jan 24, 2022

Total approved costs

6,516 thou. CZK

Public financial support

6,195 thou. CZK

Other public sources

321 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK