Whole genome sequencing analysis of selected serotypes of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in the Czech Republic
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Státní zdravotní ústav se sídlem v Praze
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-09-00433
Alternative language
Project name in Czech
Studium vybraných sérotypů Streptococcus pneumoniae působících invazivní onemocnění v České republice metodou sekvenace celého genomu
Annotation in Czech
V řadě zemí, včetně České republiky, byla prokázána vysoká účinnost vakcinačních programů s využitím pneumokokových kongjugovaných vakcín (PCV), které vedly ke snížení nemocnosti a smrtnosti invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) zejména ve věkové skupině dětí pod 5 let věku. V postvakcinačním období však v mnoha zemích přetrvávají ve zvýšené frekvenci některé sérotypy Streptococcus pneumoniae, i přes jejich přítomnost v soudobě používaných PCV. Navíc, celosvětově byl zaznamenán vzestup IPO způsobených sérotypy, které nejsou zahrnuty v současných PCV. Je nezbytné řešit otázku, nakolik expanzivní jsou populace těchto vybraných sérotypů S. pneumoniae a zhodnotit účinnost stávajících PCV versus nutnost zavedení nových PCV. Metoda sekvenace celého genomu (WGS) je v současné době nejcitlivější a nejúčinnější metodou pro studium populací infekčních agens. Analýza výsledků WGS poskytne detailní pohled na vzájemné genetické vztahy českých populací izolátů S. pneumoniae všech studovaných sérotypů. Ke studiu jsou vybrány sérotypy S. pneumoniae dle následujících kritérií: vysoká četnost výskytu u IPO v České republice i v době zavedení PCV do očkovacího schématu malých dětí, sérotypy způsobující vyšší smrtnost IPO než ostatní, sérotypy zjištěné u IPO dětí očkovaných PCV a sérotypy zařazené do nových PCV. Jedná se o tyto sérotypy: 3, 8, 19A, 22F, 33F, 10A, 11A, 12F, 15B a 14. Budou studovány izoláty z IPO za období 2010 - 2025, celkem 300 izolátů. Získané výsledky prohloubí znalosti o šíření genetických linií S. pneumoniae působících IPO v České republice v postvakcinačním (PCV10 a PCV13) období a budou podkladem ke zhodnocení vhodnosti zavedení nových vícevalentních PCV (PCV15, PCV20, PCV24) v České republice.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
7,383 thou. CZK
Public financial support
6,757 thou. CZK
Other public sources
626 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK