All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Whole genome sequencing analysis of selected serotypes of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in the Czech Republic

Public support

  • Provider

    Ministry of Health

  • Programme

  • Call for proposals

    SMZ0202200001

  • Main participants

    Státní zdravotní ústav se sídlem v Praze

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    NU22-09-00433

Alternative language

  • Project name in Czech

    Studium vybraných sérotypů Streptococcus pneumoniae působících invazivní onemocnění v České republice metodou sekvenace celého genomu

  • Annotation in Czech

    V řadě zemí, včetně České republiky, byla prokázána vysoká účinnost vakcinačních programů s využitím pneumokokových kongjugovaných vakcín (PCV), které vedly ke snížení nemocnosti a smrtnosti invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) zejména ve věkové skupině dětí pod 5 let věku. V postvakcinačním období však v mnoha zemích přetrvávají ve zvýšené frekvenci některé sérotypy Streptococcus pneumoniae, i přes jejich přítomnost v soudobě používaných PCV. Navíc, celosvětově byl zaznamenán vzestup IPO způsobených sérotypy, které nejsou zahrnuty v současných PCV. Je nezbytné řešit otázku, nakolik expanzivní jsou populace těchto vybraných sérotypů S. pneumoniae a zhodnotit účinnost stávajících PCV versus nutnost zavedení nových PCV. Metoda sekvenace celého genomu (WGS) je v současné době nejcitlivější a nejúčinnější metodou pro studium populací infekčních agens. Analýza výsledků WGS poskytne detailní pohled na vzájemné genetické vztahy českých populací izolátů S. pneumoniae všech studovaných sérotypů. Ke studiu jsou vybrány sérotypy S. pneumoniae dle následujících kritérií: vysoká četnost výskytu u IPO v České republice i v době zavedení PCV do očkovacího schématu malých dětí, sérotypy způsobující vyšší smrtnost IPO než ostatní, sérotypy zjištěné u IPO dětí očkovaných PCV a sérotypy zařazené do nových PCV. Jedná se o tyto sérotypy: 3, 8, 19A, 22F, 33F, 10A, 11A, 12F, 15B a 14. Budou studovány izoláty z IPO za období 2010 - 2025, celkem 300 izolátů. Získané výsledky prohloubí znalosti o šíření genetických linií S. pneumoniae působících IPO v České republice v postvakcinačním (PCV10 a PCV13) období a budou podkladem ke zhodnocení vhodnosti zavedení nových vícevalentních PCV (PCV15, PCV20, PCV24) v České republice.

Scientific branches

  • R&D category

    AP - Applied research

  • OECD FORD - main branch

    10606 - Microbiology

  • OECD FORD - secondary branch

    10608 - Biochemistry and molecular biology

  • OECD FORD - another secondary branch

  • CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EE - Microbiology, virology

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    May 1, 2022

  • Realization period - end

    Dec 31, 2025

  • Project status

    B - Running multi-year project

  • Latest support payment

    Apr 28, 2023

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP24-MZ0-NU-R

  • Data delivery date

    Feb 21, 2024

Finance

  • Total approved costs

    7,383 thou. CZK

  • Public financial support

    6,757 thou. CZK

  • Other public sources

    626 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK