Whole genome sequencing analysis of selected serotypes of Streptococcus pneumoniae causing invasive disease in the Czech Republic
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202200001
Main participants
Státní zdravotní ústav
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU22-09-00433
Alternative language
Project name in Czech
Studium vybraných sérotypů Streptococcus pneumoniae působících invazivní onemocnění v České republice metodou sekvenace celého genomu
Annotation in Czech
V řadě zemí, včetně České republiky, byla prokázána vysoká účinnost vakcinačních programů s využitím pneumokokových kongjugovaných vakcín (PCV), které vedly ke snížení nemocnosti a smrtnosti invazivního pneumokokového onemocnění (IPO) zejména ve věkové skupině dětí pod 5 let věku. V postvakcinačním období však v mnoha zemích přetrvávají ve zvýšené frekvenci některé sérotypy Streptococcus pneumoniae, i přes jejich přítomnost v soudobě používaných PCV. Navíc, celosvětově byl zaznamenán vzestup IPO způsobených sérotypy, které nejsou zahrnuty v současných PCV. Je nezbytné řešit otázku, nakolik expanzivní jsou populace těchto vybraných sérotypů S. pneumoniae a zhodnotit účinnost stávajících PCV versus nutnost zavedení nových PCV. Metoda sekvenace celého genomu (WGS) je v současné době nejcitlivější a nejúčinnější metodou pro studium populací infekčních agens. Analýza výsledků WGS poskytne detailní pohled na vzájemné genetické vztahy českých populací izolátů S. pneumoniae všech studovaných sérotypů. Ke studiu jsou vybrány sérotypy S. pneumoniae dle následujících kritérií: vysoká četnost výskytu u IPO v České republice i v době zavedení PCV do očkovacího schématu malých dětí, sérotypy způsobující vyšší smrtnost IPO než ostatní, sérotypy zjištěné u IPO dětí očkovaných PCV a sérotypy zařazené do nových PCV. Jedná se o tyto sérotypy: 3, 8, 19A, 22F, 33F, 10A, 11A, 12F, 15B a 14. Budou studovány izoláty z IPO za období 2010 - 2025, celkem 300 izolátů. Získané výsledky prohloubí znalosti o šíření genetických linií S. pneumoniae působících IPO v České republice v postvakcinačním (PCV10 a PCV13) období a budou podkladem ke zhodnocení vhodnosti zavedení nových vícevalentních PCV (PCV15, PCV20, PCV24) v České republice.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology<br>EE - Microbiology, virology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The aim of the project was to study isolates of selected serotypes of Streptococcus pneumoniae, which cause invasive pneumococcal disease in the Czech Republic. A total of 343 S. pneumoniae isolates were reported to international WGS databases during the project, which is 43 more than the original plan submitted in the project application. All planned project results were achieved during its implementation: reporting of WGS data to international databases; publishing project results in impact journals (1x in Q2, 4x in Q4, a total of 5 unique project dedications); presenting project results at international and national conferences. The practical impact of the research was the assessment of the suitability of introducing new PCVs in the Czech Republic and the development of recommendations for the strategy of PCV use in the Czech Republic.
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2022
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 4, 2025
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP26-MZ0-NU-U
Data delivery date
Jul 13, 2026
Finance
Total approved costs
7,383 thou. CZK
Public financial support
6,757 thou. CZK
Other public sources
626 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK