Genomic epidemiology of invasive diseases caused by Streptococcus pyogenes in the Czech Republic
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202400001
Main participants
Státní zdravotní ústav
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NW25-09-00190
Alternative language
Project name in Czech
Genomická epidemiologie invazivních onemocnění působených Streptococcus pyogenes v České republice
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na studium izolátů Streptococcus pyogenes působících invazivní onemocnění v České republice (ČR) metodou sekvenace celého genomu (WGS). Analýza WGS dat umožní detekovat geny faktorů virulence S. pyogenes, jejich varianty a změny v genech regulátorů, které mohou ovlivnit expresi známých faktorů virulence. Analýzou WGS dat bude sledován vznik hypervirulentních sublinií S. pyogenes. Spojením WGS dat s anonymizovanými epidemiologickými daty bude získán detailní popis časového a geografického šíření hypervirulentních sublinií v ČR. V projektu budou metodou WGS studovány izoláty S. pyogenes získané od pacientů s invazivním onemocněním. Izoláty budou výhradně z normálně sterilního materiálu a budou vybírány dle četnosti výskytu jednotlivých emm typů. Předpokládaný celkový počet izolátů studovaných metodou WGS bude 300. V ČR stejně jako v jiných zemích byl zaznamenán od roku 2022 vzestup počtu invazivních onemocnění působených S. pyogenes. V současné době závažná onemocnění působená S. pyogenes nově postihují ve větší míře děti a zdravé dospělé ve středním věku, na rozdíl od minulosti, kdy se vyskytovala hlavně u polymorbidních pacientů, injekčních uživatelů drog a lidí bez domova. Smrtnost invazivních onemocnění působených S. pyogenes je vysoká, navzdory okamžité léčbě antibiotiky v rozmezí 10 až 30 %. Očekávané výsledky: stanovení četnosti výskytu genů faktorů virulence a příbuznosti u izolátů S. pyogenes z normálně sterilního materiálu v ČR od roku 2015 po dobu trvání projektu a v 90. letech 20. století a jejich srovnání se zahraničními izoláty; hlášení dat WGS do mezinárodních databází; publikování výsledků řešení projektu v impaktovaných časopisech; prezentace výsledků řešení projektu na celostátních a mezinárodních konferencích.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
30302 - Epidemiology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology<br>FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2025
Realization period - end
Dec 31, 2028
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-MZ0-NW-R
Data delivery date
Apr 2, 2025
Finance
Total approved costs
9,149 thou. CZK
Public financial support
8,393 thou. CZK
Other public sources
756 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK