New approaches to addressing giardiasis treatment failure: the employment of next-generation sequencing and digital PCR in the search for markers of parasite drug resistance. e.
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
—
Call for proposals
SMZ0202300001
Main participants
Univerzita Karlova / 1. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NU23-05-00441
Alternative language
Project name in Czech
Nové přístupy ke studiu selhání léčby giardiózy: využití next-gen sekvenování a digital PCR k identifikaci markerů rezistence parazita.
Annotation in Czech
Giardióza, celosvětově nejčastější střevní onemocnění protozoárního původu s přibližně 280 miliony symptomatických případů ročně, se v posledních letech řadí k obtížně léčitelným infekcím, zejména v rozvinutých zemích včetně České republiky. V ČR je ročně diagnostikováno víc než sto případů, z nichž třetina neodpovídá ani na zvýšené dávkování metronidazolu (MTZ), léku volby a u nás jediného registrovaného léku proti giardióze. Většina pacientů s klinicky rezistentní giardiózou je následně léčena kombinací tinidazolu nebo ornidazolu a albendazolu, které v ČR registrovány nejsou. Prodleva mezi stanovením diagnózy a nasazením účinné terapie by v těchto případech mohla být odstraněna pomocí laboratorních markerů, které by rezistenci detekovaly bezprostředně po průkazu nákazy. Takové markery ale nejsou k dispozici. Pro hledání markerů rezistence je nezbytným předpokladem dostatečně velký soubor klinických vzorků od pacientů s klinicky rezistentní giardiózou a s giardiózou s dobrou odezvou na léčbu MTZ. Cílem předkládaného projektu je proto shromáždit izoláty/DNA G. intestinalis z těchto případů a na tomto unikátním souboru doplněném o izoláty z naší biobanky ověřit hypotézy o genetické podmíněnosti rezistence, spočívající v identifikaci mutantních alel a genové duplikaci kandidátních genů jako možných markerů rezistence. Celkový obraz bude doplněn genově expresní studií sledující reakci rezistentních kmenů giardií na odlišné koncentrace MTZ. V případě identifikace stabilních rozdílů na genetické úrovni mezi izoláty z případů giardiózy s klinickou rezistencí/citlivostí k MTZ resp. s prokázanou in vitro rezistencí/citlivostí k MTZ budou tyto rozdíly využity pro sestavení postupů pro rutinní identifikaci rezistentních izolátů, a tedy jako markery rezistence giardiózy k MTZ, umožňující včasné podání kauzální kombinované léčby.
Scientific branches
R&D category
AP - Applied research
OECD FORD - main branch
10606 - Microbiology
OECD FORD - secondary branch
30303 - Infectious Diseases
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
EE - Microbiology, virology<br>FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
Solution timeline
Realization period - beginning
May 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Apr 28, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-MZ0-NU-R
Data delivery date
Feb 21, 2024
Finance
Total approved costs
13,030 thou. CZK
Public financial support
13,030 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK